Python 链接外部C库时从Cython导入错误

我试图复制弗拉维安·科埃略的作品。他使用Cython和Gnu科学库（GSL）在生成随机数方面比Python有了巨大的速度。当我在Python中导入已编译的Cython代码时（使用命令

import cgibbs

），我得到以下错误：

  ImportError: dlopen(./cgibbs.so, 2): Symbol not found: _gsl_rng_mt19937
  Referenced from: /Users/wesley/scratch/cython/cgibbs.so
  Expected in: dynamic lookup

您会注意到投诉是找不到符号

\u gsl\u rng\u mt19937

。我试图链接到的函数名为

gsl\u rng\u mt19937

（无前导下划线），这就是它在我的

.pyx

文件中的显示方式。我认为Cython添加了那条主要的下划线，不知何故造成了这个问题

为了使故障排除更容易，我将代码剥离并发布在下面。我的系统是：MacOSX10.7（Lion），运行Python 2.7.2（32位）、gcc-4.0（我用它以32位的形式编译GSL库）、GSL1.15和CythonV0.15.1

以下是cgibbs.pyx的内容：

#declaring external GSL functions to be used
cdef extern from "math.h":
   double sqrt(double)

cdef double Sqrt(double n):
   return sqrt(n)

cdef extern from "gsl/gsl_rng.h":
   ctypedef struct gsl_rng_type:
       pass
   ctypedef struct gsl_rng:
       pass
   gsl_rng_type *gsl_rng_mt19937
   gsl_rng *gsl_rng_alloc(gsl_rng_type * T)

cdef extern from "gsl/gsl_randist.h":
   double gamma "gsl_ran_gamma"(gsl_rng * r,double,double)
   double gaussian "gsl_ran_gaussian"(gsl_rng * r,double)


cdef gsl_rng *r = gsl_rng_alloc(gsl_rng_mt19937)

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如果我注释掉了我的

cgibbs.pyx

的最后一行，错误就会消失，但是我实际上无法使用外部库。。。感谢您提供的任何见解。谢谢

在导出函数前加下划线称为。在Windows上，cdecl约定附加一个下划线（其他约定有更复杂的方案）

可能是您在构建GSL库时没有正确指定调用约定。您应该能够查看使用导出的名称

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GSL不是已经提供SWIG包装了吗？

多亏了@ChuiTey，我发现Mac上的

otool

和

nm

工具可以完成objdump在Linux上的功能。在

nm

中，我发现前导下划线是

libgsl.a

库中符号名称的一部分

一旦我知道链接器（在我的例子中，

ld

）正在寻找正确的名称，很明显它找不到正确的位置。这就是为什么我知道头文件不知道它们链接到的库的位置（Duh！）我只需要在运行链接器的命令中添加选项

-lgsl

（这要求

libgsl.a

位于链接器查找库的目录中-在我的机器上，即

/usr/local/lib

）

我还必须从

/usr/local/lib

中移动

libgsl.dylib

，因为它是为64位平台编译的，我使用的是32位Python

在使用distutils或makefile编译Cython代码时，必须有一种简单的方法来指定

-lgsl

链接器选项；现在我只运行两次gcc-4.0来编译并链接模块。我从bash命令行编译Cython模块的工作流是：

cython cgibbs.pyx
gcc-4.0 -m32 -I/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/include/python2.7 -c cgibbs.c -o cgibbs.o
gcc-4.0 -bundle -undefined dynamic_lookup -lgsl -arch i386 -g cgibbs.o -o cgibbs.so

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它产生了

cgibbs.so

，一个可以在Python 2.7中导入的Cython模块。

当你想在Cython中使用GSL函数时，请看一下CythonGSL（）。

我不知道来自SWIG-也许我应该这样做。