为什么可以'；我在R中调用系统功能，这些功能在我的终端中可以正常工作吗？

我正在尝试调用R中的系统函数。我正在使用mac。如果我传递了一个内置函数（例如ln），它就可以正常工作：

command <- "ls"
cat(command, "\n")
try(system(command))

你认为这是一个路径问题吗

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谢谢大家!

您的床具保存在哪里？i、 e.从中得到的输出是什么

which bedtools

如果它不在你的

usr/bin

然后系统命令给出该错误。在那里保存betools，它应该可以工作

从系统帮助文件中，建议尝试

Sys.which

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首先在shell输入上输入命令，以查看它是否在系统中工作。

考虑确保您“安装”了该命令（它存在于某个位置的容器中），并在阅读您的注释后：

如果我在函数的二进制文件所在的位置打开RStudio（例如打开-a RStudio），它就可以正常工作

我想这确实是一个路径问题。一个可能的解决办法是：

Sys.setenv(PATH=paste(Sys.getenv("PATH"), "/the/bin/folder/of/bedtools", sep=":"))

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您是否意识到您的

命令

输入与您的错误消息不匹配？如果它从CL工作，则不可能是路径问题。不幸的是，您没有给出一个可复制的示例，很难从这里开始。@rawr Hi！又是一个打字错误。对不起。@user2472704

system2（'bedtools'）

not@rawr它没有：（@user2472704，这有什么帮助吗？奇怪的是，多年后R仍然没有从bashrc或bash_配置文件中提取路径。。。

Sys.which

Sys.setenv(PATH=paste(Sys.getenv("PATH"), "/the/bin/folder/of/bedtools", sep=":"))