R ggplot2：使用geom_tile中的二进制数据统一分组样本的填充

我试图用R中的geom_瓷砖显示缺席/在场热图。如果这里有一个功能，我想填充1或在场：在一组中至少一个样本中可以找到OTU。下面是示例代码，我按站点对示例进行了分组：

library(reshape2)
library(ggplot2)

df <- data.frame(
  OTU = c("OTU001", "OTU002", "OTU003", "OTU004", "OTU005"),
  Sample1 = c(0,0,1,1,0),
  Sample2 = c(1,0,0,1,0),
  Sample3 = c(1,1,0,1,0),
  Sample4 = c(1,1,1,1,0))   
molten_df <- melt(df)

# add group data
sites <- data.frame(
  site = c(rep("site_A", 10), rep("site_B", 10)))
molten_df2 <- cbind(molten_df, sites)

# plot heatmap based on group variable sites
ggplot(molten_df2, aes(x = site, y = OTU, fill = value)) +
  geom_tile()

平铺场地_A，OTU003由值Sample1=1和Sample2=0组成，结果为0。另一方面，瓷砖场地_B，OTU003也有Sample3=0和Sample4=1，但结果是1。也许它使用最后一个值来填充？如果OTU出现在任何分组样本中，无论顺序如何，我都想显示1，我想知道是否有人知道如何在ggplot2中执行此操作

我想到但编码失败的另一种方法是编写一个函数，如果至少出现一个1，则将给定磁贴的剩余值设置为1。

使用库dplyr，您可以创建一个新变量，指示给定站点的OTU是否存在于至少一个示例中：

tmp = group_by(molten_df2,OTU, site) %>% 
  summarise(., PA=as.factor(ifelse(sum(value)>0,1,0)))

然后绘制：

ggplot(tmp, aes(x = site, y = OTU, fill = PA)) +
  geom_tile()

或直接在ggplot函数内：

ggplot(group_by(molten_df2,OTU, site) %>%
         summarise(., PA=factor(ifelse(sum(value)>0,1,0))), 
       aes(x = site, y = OTU, fill =PA)) +
  geom_tile()

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谢谢，效果很好。你知道geom_tile电话中描述的行为是如何引起的吗？欢迎！对于每个平铺，都会绘制所有值，但它们会叠加在第一个、第二个。。。直到最后一个。因此，您只能看到与最后一个值关联的颜色。完美，现在它有意义了！