Awk 重命名和编辑ChiP seq bed文件

我有大约80个bed文件，前3列（示例：X2_example.bed，其中X2是基因名），我想添加第4列，并重命名文件（示例附件：X2_example_edited.bed、Y2_example_edited.bed等），然后将这些文件合并在一起创建一个bed文件

我可以用gene name添加第4列，并用不同的名称和代码保存文件

 sed 's/$/\tX2/' < X2_example.bed  > X2_example_edited.bed

但我必须为每个床单单独做这件事。这是一种我可以从文件名中提取基因名的方法（例如，X2来自X2_example.bed），然后将其添加到bed文件的第4列，并将其保存为X2_example_edited.bed

我可以从文件名中提取基因名

echo“X2_example.bed”| awk-F'[.]'{print$1}

然而，由于我有太多的文件，我正在寻找一种方法来生成一个循环来自动化这个过程

此外，我需要合并所有生成的床文件，我可以这样做

cat *_edited.bed >output.bed

然而，我有一个错误（见附件：output.bed），第一个文件的最后一行和下一个文件的第一行在同一行

chr3    18467066    18467075    Y2
chr17   42276210    42276219    X2

我知道这一定是一件非常基本的事情，但我对这种分析是新手，知识有限。

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提前感谢

您可以试用

awk

for file in *.bed; do 
    awk '{split(FILENAME,a,"_"); print $0, a[1]}' "$file" 
done > output.bed.all

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@黛比写错了，是

awk

for file in *.bed; do 
    awk '{split(FILENAME,a,"_"); print $0, a[1]}' "$file" 
done > output.bed.all