在echo输出中使用awk移动创建的bash变量

我的while循环正在读取如下文件：

Chr start stop value  
chr1 12345 4345666 -1 

要与另一个文件进行比较以创建这些值的平均值（probes.txt），请执行以下操作：

现在代码是：

$file | while read line
do 
first=$(echo $line | awk '{print $1}' )
second=$(echo $line | awk '{print $2}')
third=$(echo $line | awk '{print $3}')
logsum=$(awk -v first=$first  -v second=$second -v third=$third '$1==first && $2>= second && $3<=third { sum += $4; n++} END { print sum / n; }' probes.txt
echo "$line" "$logsum"
done

但是，$logsum会在$line的最前面覆盖部分结束：

 0.232345 4345666 -1 0.232

我也尝试过printf，但也遇到了同样的问题

printf "%s %s \n" "$line" "$logsum"

我认为问题在于$logsum变量，因为如果

echo "$logsum" "$line"

相反

有人知道这里发生了什么，以及如何解决吗

编辑我正在使用Mac电脑，以防出现问题

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修复了使用dos2unix时的

除了按照@kvantour的建议检查

\r\n

字符外，我建议在单个AWK脚本中执行所有这些操作。这样会更有效率

比方说，如果将其保存到

script.awk

：

NR == 1 { print $0,"logsum"; next }
{
    sum = 0; n = 0; avg = 0;
    while(( getline line < fn) > 0) { 
            split(line, arr);
            if (arr[1]==$1 && arr[2]>=$2 && arr[3]<=$3) {
                    sum += arr[4]; n++;
            }
    }
    if (n>0) avg = (sum / n);
    print $0, avg;
}

示例输出：

Chr start stop value logsum
chr1 12345 4345666 -1 0.2725

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欢迎来到SO，不完全清楚，您能告诉我们您需要哪两个数字/字段的平均值吗？在您的示例中，平均值应该是

0.2725

？是否您的文件

$file

中有windows换行符（

\r\n

而不是

\n

）。也许

dos2unix

解决了您的问题。对于每个循环迭代，您将调用

awk

语言解释器四次。您可以使用以下方法来减少这种情况：

在读第一行、第二行、第三行时（只需将它们粘在一起作为最后的
echo
）；do echo$line |（cut | awk）

是一种反模式。让

阅读

将行拆分为字段。谢谢，但我也无法让它工作。这是文件：

染色体起始停止值chr1 109446507 109537862-1 chr1 15886781 159242170-1 chr9 3464597 3494038-2 chr10 3056443 30854992-1 chr12 12637644 14893621 chr20 31955124 31980522-1 chr20 32074006 32387166 1

这是输出：这是输出：logsume起始停止值-0.4855229446507 109537862 -1; 0r1 158867881 159242170-1；0r9 3464597 3494038-2；0r10 30565643 30854992-1；0r12 12637644 14893621 1；0r20 31955124 31980522-1；0r20 32074006 32387166 1；这里的“；”只是为了显示下一行的起点。我对评论窗口有点不知所措（按enter键太多）。希望这是comprehensible@NinaHollfelder，运行

dos2unix YOURFILE.txt

。这将把文件中的换行符转换为UNIX格式，所有这些都可以正常工作。（无需手动删除^M字符。）它应该是这样的：-0.485522 chr1 109446507 109537862-1-0.361409 chr1 158867881 159242170-1-2.19458 chr9 3464597 3494038-2-0.250712 chr10 30565643 30854992-1；0.145156 chr12 12637644 14893621 1-0.387729 chr20 31955124 31980522-1；0.365632 CHR203074006 32387166 1；除了这里的第1列应该是第五列column@NinaHollfelder，很高兴这有帮助。另外，如果你发现我的答案有用，考虑把它选为“最佳答案”。（不过，@kvantour首先提出了针对

\r\n

的dos2unix解决方案。）

NR == 1 { print $0,"logsum"; next }
{
    sum = 0; n = 0; avg = 0;
    while(( getline line < fn) > 0) { 
            split(line, arr);
            if (arr[1]==$1 && arr[2]>=$2 && arr[3]<=$3) {
                    sum += arr[4]; n++;
            }
    }
    if (n>0) avg = (sum / n);
    print $0, avg;
}

awk -v fn=probes.txt -f script.awk YOURFILE.txt

Chr start stop value logsum
chr1 12345 4345666 -1 0.2725