用于检索编号最高的文件夹/目录的bash脚本

我目前正在运行一个程序，重新排列基因组，以创建与参考基因组的最佳比对，并在这样做的同时生成许多文件夹，如alignment#

我无法知道这个程序在停止之前会运行多少次迭代，但最终的对齐方式是最好的（可以是从

alignment5

到

alignment35

），并且在文件夹中会有一个可预测的文件名，尽管文件夹可以更改

我需要一个bash脚本，它将在目录中查找并识别编号最高的目录，并将其存储为变量或类似的内容，理想情况下可以将其传递给其他程序

我只是想补充一点，我的脚本编写非常基本。如果你们能尽可能详细地解释你们的答案，或者提供链接到用户友好的资源，我们将不胜感激。

这里有一个概念脚本：

#!/bin/bash
shopt -s extglob
DIR="/parent/dir" HIGHEST=''
for A in "$DIR"/alignment+([[:digit:]]); do
    B=${A#*/alignment}
    [[ -z $HIGHEST || B -gt HIGHEST ]] && HIGHEST=$B
done
[[ -n $HIGHEST ]] && echo "Highest: $DIR/alignment${HIGHEST}"

这假定文件名的前缀一致。

---

否则，您可以使用“sort-kn--numeric”，有关详细信息，请参阅“man sort”。

非常感谢，它的工作方式很有魅力。您能解释一下每一行都在做些什么吗？因为我从来并没有遇到过shopt，而且我还不清楚for循环中的许多语法。

shopt

启用

extglob

进行扩展模式匹配

'+（[[：digit:]]）

是一种扩展模式匹配形式，它匹配一个或多个数字。你不能用普通的地球仪

B=${A#/alignment}

删除路径名中除数字之外的所有内容。这是关于扩展全局绑定的一个很好的讨论：对于这个条件检查：

-z$HIGHEST

测试HIGHEST是否已经设置了值。如果为空，则表示为真实条件，最高值将设置为

$B

。否则（使用

|

）如果

B

大于先前在

HIGHEST

（

B-gt HIGHEST

）上设置的值，则

HIGHEST

也会使用

$B

中的新值刷新。非常感谢您的整洁脚本！extglob链接也非常有用，干杯D

ls -1 $directory | sort --numeric