Bash 使用sed到awk重写for循环

我有个大问题。你能帮我吗

我的脚本将文本文件中的编号（SOL_atom_索引，例如117824）更改为带编号的文本（SOL_mol_索引，例如SOL125）。我试着把原子数改写成水分子数。水分子由3个原子组成，在本文本文件中，所有水原子的索引范围为11601到136845。 所以116101原子+116102原子+116103原子=第一水分子（SOL1）等。例如，11601将变为SOL1，116102将变为SOL2，116103将变为SOL1，116104将变为SOL2，116105将变为SOL2，116106将变为SOL2，116107将变为SOL3，等等：

#!/bin/bash
SOL_atom_index=116101
number=1
SOL_mol_index=SOL$number
index=1
for index in {1..100}
do
    for SOL_mol_index in {116101..132777}
    do
        sed -i "s/$SOL_atom_index/$SOL_mol_index/g;s/$(($SOL_atom_index+1))/$SOL_mol_index/g;s/$(($SOL_atom_index+2))/$SOL_mol_index/g" eq2_12_333_new_$index.ndx
        SOL_atom_index=$(($SOL_atom_index+3))
        number=$(($number+1))
        SOL_mol_index=SOL$number
    done
    SOL_atom_index=116101
    number=1
    SOL_mol_index=SOL$number
done

是否可以在awk到awk中将其重写为类似for循环的内容

    for SOL_index in {116101..136845}
    do
            sed -i "s/$SOL_atom_index/$SOL_mol_index/g;s/$(($SOL_atom_index+1))/$SOL_mol_index/g;s/$(($SOL_atom_index+2))/$SOL_mol_index/g" eq2_12_333_new_$index.ndx
            SOL_atom_index=$(($SOL_atom_index+3))
        number=$(($number+1))
        SOL_mol_index=SOL$number
    done

我问这个问题，因为我试图使用sed并在许多文件中运行这个脚本（这就是为什么索引I{1..100}）的原因，但它不起作用。因此，我将尝试在awk中为循环执行此操作，然后保存文件并使用bash for循环在所有文件中进行更改

我的意见

151 117760
275 117841
533 124168
920 126658
1054 124285
1819 123172
2073 119893
2086 119350
2210 121552
2215 126925
2726 126379
3113 120949

预期产出，例如：

151 SOL554
275 SOL581
533 SOL2690
920 SOL3520
1054 SOL2729
1819 SOL2358
2073 SOL1265
2086 SOL1084
2210 SOL1818
2215 SOL3609
2726 SOL3427
3113 SOL1617

另一个要测试的输入示例（因为此脚本适用于许多文件）：

例如，这个脚本在一个文件上工作得非常完美

#!/bin/bash
SOL_atom_index=116101
number=1
SOL_mol_index=SOL$number
for SOL_index in {116101..136845}
do
        sed -i "s/$SOL_atom_index/$SOL_mol_index/g;s/$(($SOL_atom_index+1))/$SOL_mol_index/g;s/$(($SOL_atom_index+2))/$SOL_mol_index/g" eq2_8_new_100.ndx
        SOL_atom_index=$(($SOL_atom_index+3))
    number=$(($number+1))
    SOL_mol_index=SOL$number
done

---

但当我试图修改此脚本以处理一个houndred文件时，它不起作用。

是的，我找到了答案，我不知道出了什么问题，但最后

#!/bin/bash
SOL_atom_index=116101
number=1
SOL_mol_index=SOL$number
index=1

for index in {1..100}
do
    for SOL_index in {116101..136845}
    do
            sed -i "s/$SOL_atom_index/$SOL_mol_index/g;s/$(($SOL_atom_index+1))/$SOL_mol_index/g;s/$(($SOL_atom_index+2))/$SOL_mol_index/g" eq2_12_333_new_$index.ndx
            SOL_atom_index=$(($SOL_atom_index+3))
        number=$(($number+1))
        SOL_mol_index=SOL$number
    done
    SOL_atom_index=116101
    number=1
    SOL_mol_index=SOL$number
done

---

我不明白你想做什么。你能解释一下为什么117760变成了SOL554，117841变成了SOL581吗？请解释一下你的建议背后的规则code@Jakub：你说的“不起作用”是什么意思？脚本中的一个问题是，您正在创建大约170万个

sed

的子进程，而简单地用

awk

替换它们并不能改善这一点。另外，在您发布的重写尝试中，我没有看到任何awk调用。@Jakub：原始脚本中的另一个问题是，内部

for

循环将

SOL\u mol\u index

作为控制变量，但在循环体内部，您修改了这个变量：

SOL\u mol\u index=SOL$number

。这将不起作用，正如您在以下示例中看到的：{1..100}中i的

；不要重复$i；i=89；完成

。您在问题中提供了一个示例输入和示例输出，但我不知道这些数据将传递到脚本的何处或结果将被写入。您只需使用命名模式

eq2\u 12\u 333\u new\u$index.ndx

修改文件，并且每次修改都会执行16676次。我会用一个程序替换内部循环，该程序只在相应的

eq2_……

文件的行上循环，在单个进程中对每行进行必要的替换。速度如何？文件小吗？这似乎对任何大小的东西都会非常慢…看和。

#!/bin/bash
SOL_atom_index=116101
number=1
SOL_mol_index=SOL$number
for SOL_index in {116101..136845}
do
        sed -i "s/$SOL_atom_index/$SOL_mol_index/g;s/$(($SOL_atom_index+1))/$SOL_mol_index/g;s/$(($SOL_atom_index+2))/$SOL_mol_index/g" eq2_8_new_100.ndx
        SOL_atom_index=$(($SOL_atom_index+3))
    number=$(($number+1))
    SOL_mol_index=SOL$number
done

#!/bin/bash
SOL_atom_index=116101
number=1
SOL_mol_index=SOL$number
index=1

for index in {1..100}
do
    for SOL_index in {116101..136845}
    do
            sed -i "s/$SOL_atom_index/$SOL_mol_index/g;s/$(($SOL_atom_index+1))/$SOL_mol_index/g;s/$(($SOL_atom_index+2))/$SOL_mol_index/g" eq2_12_333_new_$index.ndx
            SOL_atom_index=$(($SOL_atom_index+3))
        number=$(($number+1))
        SOL_mol_index=SOL$number
    done
    SOL_atom_index=116101
    number=1
    SOL_mol_index=SOL$number
done