Bash 将两个不同文件夹中具有相同条形码的fastq文件合并到另一个文件夹
我在一个纳米孔平台上运行了两次相同的样品。现在我想合并每个运行生成的96个条形码文件 所以我在文件夹中的文件是从barcode01到barcode96的Bash 将两个不同文件夹中具有相同条形码的fastq文件合并到另一个文件夹,bash,shell,Bash,Shell,我在一个纳米孔平台上运行了两次相同的样品。现在我想合并每个运行生成的96个条形码文件 所以我在文件夹中的文件是从barcode01到barcode96的 RUN1 RUN2 barcode01_filt.fastq.gz barcode01_filt.fastq.gz 现在，我想将它们合并到另一个文件夹中。我要查找的输出是将RUN1和RUN2的条形码合并到另一个同名的文件夹RUN3 任何建议或帮助都将不胜感激 更新 所以我把
RUN1 RUN2
barcode01_filt.fastq.gz barcode01_filt.fastq.gz
RUN1RUN2RUN3find Cov1_run/ -name "*filt.fastq.gz"
Cov1_run/RUN2/barcode05_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN2/barcode68_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN2/barcode34_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN2/barcode82_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN2/barcode61_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN2/barcode69_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN2/barcode18_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN1/barcode05_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN/barcode68_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN1/barcode34_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN1/barcode82_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN1/barcode61_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN1/barcode69_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN1/barcode18_filt.fastq.gz
RUN1 barcode05_filt.fastq.gz and RUN2 barcode05_filt.fastq.gz
未测试和概念性，因为太大，无法评论：
cd RUN1
for fa in *.fastq.gz ; do
# Deduce name of friend
fb="../RUN2/$fa"
if [ -f "$fb" ] ; then
cat "$fa" "$fb" > "../RUN3/$fa"
fi
done
请原谅我对fastq文件的无知，但如何合并它们？将第二个的开始连接到第一个的结束-顺序重要吗？交替线？备用巴拉圭？按字母顺序排序的行？好的，让我给出我的输出…“连接”是的，只需cat就足以合并them@MarkSetchell我已经更新了我的问题，cat已经足够让我理解它们了。我发现最简单的方法是将目录更改为RUN1或RUN2，然后在*fastq中为f运行
；doxyz；完成f