Bash 如果匹配的文件与特定的目标文件夹名称匹配，则移动文件夹中的匹配文件

如果文件夹名称的某个部分匹配，我无法确定如何将文件移动到文件夹中

例如，如果我有4个文件，下面的bash将使用特定的文件扩展名并为其创建文件夹：

Bash

for f in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-19-2016/*.bam
do
   [ -d "$f" ] && continue
   base=${f%.*}
   mkdir -p "$base"
   mv "$f" "$base/"
done

在运行

bash

之前：

IonXpress_001.bam
IonXpress_002.bam
IonXpress_003.bam
IonXpress_007.bam

运行

bash

之后

创建了4个文件夹，其中每个

.bam

：

 `Folder`            `File`
IonXpress_001 >>> IonXpress_001.bam
IonXpress_002 >>> IonXpress_002.bam
IonXpress_003 >>> IonXpress_003.bam
IonXpress_007 >>> IonXpress_007.bam

在

文件夹中

有一个名为

test

的目录，其中有4个文件：

 IonXpress_001_newheader_all_IDT.meterics
 IonXpress_002_newheader_all_IDT.meterics
 IonXpress_003_newheader_all_IDT.meterics
 IonXpress_007_newheader_all_IDT.meterics

我正在尝试将

测试文件夹

中与起始字符串匹配的

文件

移动到主文件夹中。

测试文件夹

也作为子目录移动，其中包含

文件

。我为这篇冗长的文章试图提供所有细节而道歉。谢谢：）

期望的结果

   `Folder`            `File`           `folder`
IonXpress_001 >>> IonXpress_001.bam   >>> test >>> IonXpress_001_newheader_all_IDT.meterics
IonXpress_002 >>> IonXpress_002.bam   >>> test >>> IonXpress_002_newheader_all_IDT.meterics
IonXpress_003 >>> IonXpress_003.bam   >>> test >>> IonXpress_003_newheader_all_IDT.meterics   
IonXpress_007 >>> IonXpress_007.bam   >>> test >>> IonXpress_007_newheader_all_IDT.meterics

 for f in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-19-2016/*.bam
do
 base="${f%.*}"
 mkdir -p "$base"; mkdir -p "$base/"(picard,fastqc,bedtools,30x}
 mv "$f" "$base/"
 mv "picard/fastqc/bedtools/30x/$f"* "$base/picard/fastqc/bedtools/30x"
done

 `Folder`            `File`           `folder`
IonXpress_001 >>> IonXpress_001.bam   >>> picard/fastqc/bedtools/30x >>> IonXpress_001_newheader_all_IDT.meterics
IonXpress_002 >>> IonXpress_002.bam   >>> picard/fastqc/bedtools/30x >>> IonXpress_002_newheader_all_IDT.meterics
IonXpress_003 >>> IonXpress_003.bam   >>> picard/fastqc/bedtools/30x >>> IonXpress_003_newheader_all_IDT.meterics   
IonXpress_007 >>> IonXpress_007.bam   >>> picard/fastqc/bedtools/30x >>> IonXpress_007_newheader_all_IDT.meterics

编辑

   `Folder`            `File`           `folder`
IonXpress_001 >>> IonXpress_001.bam   >>> test >>> IonXpress_001_newheader_all_IDT.meterics
IonXpress_002 >>> IonXpress_002.bam   >>> test >>> IonXpress_002_newheader_all_IDT.meterics
IonXpress_003 >>> IonXpress_003.bam   >>> test >>> IonXpress_003_newheader_all_IDT.meterics   
IonXpress_007 >>> IonXpress_007.bam   >>> test >>> IonXpress_007_newheader_all_IDT.meterics

 for f in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-19-2016/*.bam
do
 base="${f%.*}"
 mkdir -p "$base"; mkdir -p "$base/"(picard,fastqc,bedtools,30x}
 mv "$f" "$base/"
 mv "picard/fastqc/bedtools/30x/$f"* "$base/picard/fastqc/bedtools/30x"
done

 `Folder`            `File`           `folder`
IonXpress_001 >>> IonXpress_001.bam   >>> picard/fastqc/bedtools/30x >>> IonXpress_001_newheader_all_IDT.meterics
IonXpress_002 >>> IonXpress_002.bam   >>> picard/fastqc/bedtools/30x >>> IonXpress_002_newheader_all_IDT.meterics
IonXpress_003 >>> IonXpress_003.bam   >>> picard/fastqc/bedtools/30x >>> IonXpress_003_newheader_all_IDT.meterics   
IonXpress_007 >>> IonXpress_007.bam   >>> picard/fastqc/bedtools/30x >>> IonXpress_007_newheader_all_IDT.meterics

---

您可以按如下方式修改现有脚本：

sub='picard/fastqc/bedtools/30x'

for f in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-19-2016/*.bam
do
   base="${f%.*}"
   mkdir -p {"$base","$base/$sub"}

   mv "$f" "$base/"
   mv "$sub/$f"* "$base/$sub/"
done

---

如果目标目录已经存在，

mkdir-p

会自动退出。

现在什么是

test

文件夹的完整路径？@anubhava完整路径是

/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-19-2016/test

。。。。谢谢：）。你可以发布问题中所有内容的完整路径吗？我真的不知道哪些文件/文件夹要放在哪里。如果除了测试（测试、名称、计数、结果、更少）之外还有多个子文件夹，所有子文件夹都在同一路径中，是否可以全部使用`mkdir-p{“$base”，“$base/test/name/count/result/less”}或者有更好的方法吗？谢谢：）。使用：

mkdir-p“$base”；mkdir-p“$base/”（test，name，count，result，less}

我用

bash添加了一个编辑，但是我得到
mv:cannot stat'picard/fastqc/bedtools/30x/*”：没有这样的文件或目录
…谢谢：）.这就是你的问题所显示的
picard/fastqc/bedtools/30x>>>
如果不附上屏幕截图，很难解释，但每个子目录都有文件。感谢您的帮助，我将尝试使用一些代码示例，如果遇到问题，请重新发布。谢谢：）。