Bash Grep-A1-f返回的结果比它应该返回的多

这是我的问题：

我有一个包含遗传数据的fasta文件（

my.fasta

）：

我还有一个名称列表，它是my.fasta文件的子集，我想为它们提取序列（

names.list

）：

我想得到的是：

>TR3|c0_g1_i1
CGGATCATGGTCTTGGTCAAAA
>TR4|c0_g1_i1
ATTGGGGGTTTTAAACTGGCGAA...

我正在做：

grep-A1-f names.list my.fasta | grep-v“^--$”>new.fasta

但是！我的

姓名中有30566姓名。列表中有
grep-c>“new.fasta31080

我有
grep“>”new.fasta | cut-d''-f1 | tr-d'>'>new.names.list
然后
cat names.list new.names.list>names.all.list
和
sort names.all.list | uniq-c | grep“1”| | sed-r's/1/'>names.extra.list
，最后得到了额外的514个名称。他们是怎么到那里的

整个my.fasta的姓名列表：
我想要的子集的名称列表：

谢谢
 您的一些姓名相互包含，例如：
TR74928 | c6 | u g4 _i1
和
TR74928 | c6 | u g4 _i10
。因此，
grep
每行将返回多个结果

要解决这个问题：

sed-e's/^/>/g'names.list>copy.list

要获得前缀为
的名称，就像在文件
my.fasta
中一样，请执行以下操作：

grep-A1-x-f copy.list my.fasta | grep-v“^--$”>new.fasta

以精确匹配包含标识符的行

-x、 --行regexp
仅选择与整行完全匹配的匹配项。这
选项的效果与使用^和$锚定表达式的效果相同

更简单的解决方案是：

grep-A1-w-f name.list my.fasta | grep-v“^--$”>new.fasta

但是，只有在
my.fasta
中没有标识符行包含多个“单词”（标识符）时，这才有效

-w、 --word regexp
仅选择包含构成整词的匹配项的行。这个
测试是匹配的子字符串必须位于
行，或前面有非单词组成字符。同样地，
它必须位于行的末尾或后跟非单词
构成特征。单词的组成字符是字母，
数字和下划线

将你的文件上传到某个地方，并将其链接添加到你的问题。你的
my.fasta
中难道没有像“TR3 | c0_g1_i10”这样的名字吗？如果您这样做，则可以使用您的
名称列表中的一个名称匹配多个名称。你能给一些额外的名字吗？每个名字都是唯一的，因为它们都代表唯一的转录本。由于研究结果尚未公布，我无法上传这些文件。我检查了几个额外的名称，但它们不在names.list文件中。您认为它可能不会在“|”之后读取任何内容吗？我已经上传了所有文件中的名字列表，并将它们添加到上面的帖子中。@user261007不，重点是一些名字可能包括其他名字。。。试试这个：
sed-e's/^/>/g'names.list>copy.list
然后
grep-A1-x-f copy.list my.fasta | grep-v“^--$”>new.fasta
。
TR3|c0_g1_i1
TR4|c0_g1_i1

>TR3|c0_g1_i1
CGGATCATGGTCTTGGTCAAAA
>TR4|c0_g1_i1
ATTGGGGGTTTTAAACTGGCGAA...