Bioinformatics BWA can'；找不到本地索引文件

我目前正试图将一个.fasta文件导入bwa，以使用一个参考基因组来映射我的读取结果。但是，我当前遇到以下错误：

[E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files

有什么帮助吗？这是我的密码：

#!/bin/bash

source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load fastqc/0.10.1
module load fastx/0.0.13
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load pear/0.9.10
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load fastqc/0.10.1
module load fastx/0.0.13   
module load bwa/0.7.12
module load samtools/1.2
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh
module load trimmomatic/0.35

r=20
####mapping
#Indexing reference library for BWA mapping:
bwa index -a is ~/gz_files/sample_things/fungiref.fa fungiref

bwa mem fungiref sample${r}_clipped_paired.assembled.fastq > sample${r}.sam

#sort and convert to bam
samtools view -bS sample${r}.sam | samtools sort - sample{r}_sorted

#counts and stats
samtools index sample${r}_sorted.bam
samtools idxstats sample${r}_sorted.bam > ${r}_counts.txt

---

bwa索引的用法是

bwa index [-p prefix] [-a algoType] <in.db.fasta>

您可能会在他们的网站上找到更准确的帮助，或者您可能对以下生物信息学beta stackexchange网站感兴趣：谢谢您的帮助！最后一个问题，不确定您是否知道：当映射回引用时，序列必须匹配到多近才能被视为“映射”？我正在尝试比较不同的数据库，我需要知道BWA映射的可信度。我在互联网上搜索了一下，没有找到任何东西。@Haley你可以通过传递给
bwa mem
的几个选项来控制它。不幸的是，这些参数并非微不足道……最好的方法是查阅出版物中对BWA MEM算法的解释。无论如何，比赛分数（
-T
）的默认截止值是30。使用匹配分数（
-A
）、不匹配惩罚（
-B
）、间隙打开（
-O
）和扩展（
-E
）惩罚以及剪切惩罚（
-L
）和未配对读取惩罚（
-U
）计算此分数。BWA MEM在这方面非常独特：通常剪切惩罚是0，未配对读取是通过/失败。我也这么认为。。对于使用高截止值的映射程序，您是否有任何建议？我对一个环境样本进行了短时间的读取。@Haley我不知道如何对BWA MEM进行参数化，因为读取可能具有可变长度，所以绝对截止是非常不切实际的。但是，我通常只会将截止值设置为非常接近读取长度（例如，允许一个或两个INDEL）。
bwa mem ~/gz_files/sample_things/fungiref.fa sample${r}_clipped_paired.assembled.fastq > sample${r}.sam