C++ MPI_File_write_at:两次写入同一结构会导致二进制文件中的数据块略有不同
我有以下简单的MPI代码:C++ MPI_File_write_at:两次写入同一结构会导致二进制文件中的数据块略有不同,c++,c,parallel-processing,mpi,mpi-io,C++,C,Parallel Processing,Mpi,Mpi Io,我有以下简单的MPI代码: #include <iostream> #include <mpi.h> int main() { struct test { int rank = 1; double begin = 0.5; double end = 0.5; }; MPI_Init(NULL, NULL); int world_rank; MPI_Comm_rank(MP
#include <iostream>
#include <mpi.h>
int main() {
struct test {
int rank = 1;
double begin = 0.5;
double end = 0.5;
};
MPI_Init(NULL, NULL);
int world_rank;
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);
int world_size;
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);
MPI_File fh;
MPI_Offset offset;
MPI_Status status;
MPI_Datatype TIMEDATA_DATATYPE;
// Create datatype
int blocklen[3] = {1,1,1};
MPI_Datatype type[3] = { MPI_INT, MPI_DOUBLE, MPI_DOUBLE };
MPI_Aint disp[3] = {0, 4, 12};
MPI_Type_create_struct(3, blocklen, disp, type, &TIMEDATA_DATATYPE);
MPI_Type_commit(&TIMEDATA_DATATYPE);
// Open file
offset = 20*world_rank;
MPI_File_open(MPI_COMM_WORLD, "test.bin", MPI_MODE_CREATE | MPI_MODE_WRONLY,
MPI_INFO_NULL, &fh);
// Write to file
test t1, t2;
MPI_File_write_at(fh, offset, &t1, 1, TIMEDATA_DATATYPE, &status);
MPI_File_write_at(fh, offset, &t2, 1, TIMEDATA_DATATYPE, &status);
// Close file
MPI_File_close(&fh);
MPI_Finalize();
return 0;
}
因此,在上面的代码中,我基本上希望写入同一个文件两次。每次都来自不同的过程。数据是int,double,double格式的结构,因此4+8+8=20字节的数据。我们有两个该结构的对象,但都用相同的值初始化。因此,我们将两块20字节的数据写入文件test.bin,我希望在二进制表示中看到这种“对称性”,但我得到了:(我提供了两种不同cli工具的两种不同输出。)
现在,如果我们看看xxd的输出,我们会看到:
前20个字节:
- 整数:0100 0000
- 双倍:fe7f 0000
- 双人:0000 e03f 0000 e03f
- 整数:0100 0000
- 双人:ff7f 0000
- 双精度:0000 e03f 0000 0000
MPI_Aint disp[3] = {0, 4, 12};
请执行以下操作:
disp[0] = offsetof(test, rank);
disp[1] = offsetof(test, begin);
disp[2] = offsetof(test, end);
不要忘记包括“”和调整偏移量(即,偏移量=大小(测试)*世界排名;
)
不要试图手动硬编码偏移量,最好使用
中的偏移量来计算。无法保证结构内部使用的填充将与数组中硬编码的位移值相匹配(即,disp
)
结构填充是C语言中的一个概念,它在内存地址之间添加一个或多个空字节,以对齐内存中的数据。(). 为了更好地理解填充,请查看以下内容:
而不是:
MPI_Aint disp[3] = {0, 4, 12};
请执行以下操作:
disp[0] = offsetof(test, rank);
disp[1] = offsetof(test, begin);
disp[2] = offsetof(test, end);
不要忘记包括“”和调整偏移量(即,偏移量=大小(测试)*世界排名;
)
不要试图手动硬编码偏移量,最好使用
中的偏移量来计算。无法保证结构内部使用的填充将与数组中硬编码的位移值相匹配(即,disp
)
结构填充是C语言中的一个概念,它在内存地址之间添加一个或多个空字节,以对齐内存中的数据。(). 为了更好地理解填充,请查看以下内容: