CUDA中的并行Smith-Waterman算法实现-未计算最后2行

我正在CUDA中进行并行Smith-Waterman算法的实现，但现在遇到了一些麻烦。分数矩阵的最后两行根本不计算，它们只显示零。矩阵的其余部分计算正确

算法分两个阶段运行。首先，线程数增加到seq长度的大小，然后收缩回0。使用不同的线程数和k值重复调用内核。c是我的分数矩阵，a，b是序列，k是第k个反对角（i+j=k）。这些值在史密斯-沃特曼算法中偏移1

这是我的内核：

__global__ void SmithWKernelExpand(int (*c)[arraySize+1], const char *a, const char *b, int *k)
{
    int i = threadIdx.x+1;
    int j = ((*k)-i)+1;
    int north=c[i][(j)-1]-1;            //Indel
    int west=c[i-1][j]-1;
    int northwest;
    if (((int) a[i-1])==((int)b[(j)-1]))
        northwest=c[i-1][(j)-1]+2;      //Match
    else
        northwest=c[i-1][(j)-1]-1;      //Mismatch
    //c[i][j] = max(max(north, west),max(northwest,0));
    c[i][j]=(*k);  //Print the number of anti diagonal - For Debugging
}

__global__ void SmithWKernelShrink(int (*c)[arraySize+1], const char *a, const char *b, int *k)
{
    int i = threadIdx.x+((*k)-arraySize)+1;
    int j = ((*k)-i)+1;
    int north=c[i][(j)-1]-1;            //Indel
    int west=c[i-1][j]-1;
    int northwest;
    if (((int) a[i-1])==((int)b[(j)-1]))
        northwest=c[i-1][(j)-1]+2;      //Match
    else
        northwest=c[i-1][(j)-1]-1;      //Mismatch
    //c[i][j] = max(max(north, west),max(northwest,0));
    c[i][j]=(*k);  //Print the number of anti diagonal - For Debugging
}

输出为：

0       0       0       0       0       0       0       0       0
0       1       2       3       4       5       6       7       8
0       2       3       4       5       6       7       8       9
0       3       4       5       6       7       8       9       10
0       4       5       6       7       8       9       10      11
0       5       6       7       8       9       10      11      12
0       6       7       8       9       10      11      12      13
0       0       0       0       0       0       0       0       0
0       0       0       0       0       0       0       0       0

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有人能帮我解决这个问题吗？

很明显，输出数组的c[i][j]元素是由一个特定的线程ID设置的。因为最后两行没有设置，所以这是i范围的函数，即threadIdx.x+1，并且该值就是您在*k中传递的任何值。因此，对我来说，仅仅发布内核代码似乎是不够的。我们还需要查看您的内核调用。假设您没有在*k中传递0，一种可能是您没有为每个块创建足够的线程。也可能是数据复制的问题，您也没有显示。如果没有完整的复制案例，此问题无法回答，并且尚未提供。投票结束。