将分级项目重新整合到现有Git

我已经将我现有的libGDX/android项目重新设置为使用gradle。这涉及到大量的项目结构更改，但很少涉及代码更改。所有这些我都是在Git之外做的。我想把这个放回主分支

将其导入并重新集成到现有Git中的最佳方法是什么

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编辑：我有一个全新的项目在我的工作目录之外，我需要回到项目中。合并对我来说是有意义的，因为它不在Git中，我只想让它替换当前的头。

你

Git添加所有文件，直到
Git status
告诉你没有未跟踪的修改，然后
Git提交
。Git将确定需要做什么。
从包含现有Git版本源的目录中删除除.Git目录之外的所有内容。将新的、修改过的源文件粘贴到这个现在为空的目录中，然后添加并提交。