Grep 通过添加“编辑标题”；管道；在文件中_Grep_Header_Editing_Fasta

Grep 通过添加“编辑标题”；管道；在文件中

grep

Grep 通过添加“编辑标题”；管道；在文件中,grep,header,editing,fasta,Grep,Header,Editing,Fasta,我想通过添加管道来编辑fasta文件中的标题，但无法这样做。标题看起来像这样 KX035646.1名称：NADH域 ATGCGGCTGC 我想要这样的 sp | KX035646.1 |名称：NADH域所有序列的登录号都不同你能帮我做吗？谢谢您可以尝试一个简单的sed单行程序： cat test.fasta >KX035646.1 Name:NADH domain ATGCGGGGCTGC.. ACGT CTTT >KX035646.2 Name:NADH domain ATGC

我想通过添加管道来编辑fasta文件中的标题，但无法这样做。标题看起来像这样

KX035646.1名称：NADH域 ATGCGGCTGC

我想要这样的

sp | KX035646.1 |名称：NADH域

所有序列的登录号都不同

你能帮我做吗？谢谢

您可以尝试一个简单的sed单行程序：

cat test.fasta
>KX035646.1 Name:NADH domain ATGCGGGGCTGC..
ACGT
CTTT
>KX035646.2 Name:NADH domain ATGCGGGGCTGC..43214
GCAT

sed 's/^>\([a-zA-Z0-9.]\+\)\(.*\)/>sp|\1|\2/' test.fasta
>sp|KX035646.1| Name:NADH domain ATGCGGGGCTGC..
ACGT
CTTT
>sp|KX035646.2| Name:NADH domain ATGCGGGGCTGC..43214
GCAT