在macOS Mavericks 10.9.5上安装xlsx和rJava

在我的Mac上安装rjava真是一场噩梦

我的设置：

MacOS 10.9.5
Java: 7u71 (64 bits dowloaded from Oracle site)
R: R version 3.1.1 (2014-07-10)

首先，我在命令行中运行

sudo R CMD javareconf

然后，我跑进了R：

install.packages('rJava')

编译结束时的错误如下：

JavaVM -F/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -llzma -lm -liconv -licuuc -licui18n
ld: library not found for -licuuc
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2
make: *** [jri] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’
* removing ‘/Users/costa/Library/R/3.1/library/rJava’

我尝试了Java8和Mac默认Java，也得到了同样的错误

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Ideias？

我的计算机上也有同样的错误（Mac OS 10.9.5、Java 1.8.0_11、R 3.1.1）。从Oracle（1.8.0_25）安装最新的Java JDK并没有解决这个问题。然而，在更新Java之后，安装R3.1.2为我解决了这个问题。运行

install.packages（“rJava”）

后，此操作将：

> library("rJava")
> .jinit() # this starts the JVM
> s <- .jnew("java/lang/String", "Hello World!")
> .jcall(s,"I","length")
[1] 12

>库（“rJava”）
>.jinit（）#这将启动JVM
>s.jcall（s，“I”，“长度”）
[1] 12

请注意，更新JDK与GUI Java控制面板中的Java版本有所不同，可以通过系统首选项进行访问。后者只是internet浏览器插件的JRE。

我作为root（sudobash）所做的（使用macports R）：

• 编辑

  /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf

  换线

  LIBS =  -llzma -lm -liconv -licuuc -licui18n
  

  到

• 安装原始的1.6 Mac Java

• 出口

  JAVA_HOME=/System/Library/JAVA/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/HOME

• 运行

  R CMD javareconf

现在您可以启动R并执行

install.packages（“rJava”）

。使用1.6版本的Java确保RStudio也可以加载rJava包

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如果您不打算使用RStudio，也可以使用Java1.8，我也有同样的问题。我使用的是OS X Yosemite，最初是通过自制软件安装R

我执行了以下步骤来修复它：

关闭R的所有实例

在我的终端shell中，运行

sudo R CMD javareconf

从我的终端打开R并运行：

安装软件包（“rJava”）

安装软件包（“xlsx”）

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使用旧的Java SE 6，我能够通过运行javareconf来编译rJava，如下所示：

JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home \
JAVA_CPPFLAGS=-I/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.11.sdk/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/Current/Headers/ \
r CMD javareconf

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通过在我的Macbook上安装rJava（运行OSX Yosemite和R版本3.2.3），我实际上可以完全避免编辑我的环境。首先，在R中执行以下操作以安装rJava：

install.packages("rJava", type = "mac.binary")

可能与此无关，出于某种原因，在我第一次安装

xlsxjars

依赖项之前，我无法安装xlsx。因此，在R中执行以下操作：

install.packages(c("xlsxjars", "xlsx"))

有了这两个命令，xlsx似乎可以很好地安装在mac上

这对我很有用：

sudo R CMD javareconf

然后，在R解释程序中：

install.packages('rJava', type='source')
install.packages('xlsx', type='source')

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我相信我必须安装snow leopard build，它运行良好我尝试过使用这个版本：但是我无法安装（我的Mac是10.9.5）

openxlsx

是一个不依赖Java的好选择。在此阶段，rJava的编译失败：install.packages（'rJava'，type='source'）对我来说只是为了更改

Makeconf

文件中的标志！另外，您可能需要使用

sudo

运行

R CMD javareconf

。

install.packages('rJava', type='source')
install.packages('xlsx', type='source')