为每个mpi进程分配不同数量的openmp线程

假设我有一个在384个MPI进程（24个计算节点，每个计算节点16个内核）上运行的代码，并使用以下简单脚本将我的作业提交到作业队列

#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -l nodes=24:ppn=16
#PBS -l walltime=01:00:00

cd $PBS_O_WORKDIR
module load openmpi
mpirun mycode > output_file

以下场景是否可行：我需要再分配一个具有16个内核的节点，以使用“openmp”执行一些特定的计算，并在某个时候使用计算结果更新384进程的其余部分。现在我有384个MPI进程，每个进程上有一个线程顺序运行，一个MPI进程有16个openmp线程

是否可以通过OMP_NUM_线程和mpirun或任何其他工具来实现这一点

我感谢你的建议

多谢各位

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新浪

您可以请求25个节点和16个PPN，然后只强制385个MPI进程：

#PBS -l nodes=25:ppn=16
...
mpirun -np 384 mycode : -np 1 -x OMP_NUM_THREADS=16 mycode > output_file

这利用了开放式MPI的MPMD启动模式，不同的启动配置由冒号分隔。由于默认情况下，列组在节点插槽上按顺序填充，因此前384个列组将恰好跨越24个节点，然后额外的列组将从最后一个节点开始。为此，

OMP\u NUM\u THREADS

环境变量将设置为16，因此启用16个OpenMP线程。如果OpenMP程序是不同的可执行文件，只需在第二次启动配置中替换其名称，例如：

mpirun -np 384 mycode : -np 1 -x OMP_NUM_THREADS=16 myompcode > output_file

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非常感谢您提供我所需要的帮助，因为mpich

-x

应该是

-env

。