Anaconda Python发行版中的mpi4py产生问题

mpi4py.MPI.COMM_SELF.Spawn

在使用Anaconda的Python发行版时似乎会抛出错误。我的问题是，

mpi4py

是否可能是在我安装的Anaconda中以某种方式针对错误版本的MPI（mpich v openmpi）构建的

问题是以下代码

# spawn.py
import mpi4py.MPI as MPI
import sys
print 'mpi4py:',MPI.__file__
comm = MPI.COMM_SELF.Spawn(sys.executable,
                           args=['hello.py'],
                           maxprocs=1)

给出以下错误

$ /home/wd15/anaconda/bin/python spawn.py
mpi4py: /home/wd15/anaconda/lib/python2.7/site-packages/mpi4py/MPI.so
[mpiexec@loki] match_arg (./utils/args/args.c:122): unrecognized argument pmi_args
[mpiexec@loki] HYDU_parse_array (./utils/args/args.c:140): argument matching returned error
[mpiexec@loki] parse_args (./ui/mpich/utils.c:1387): error parsing input array
[mpiexec@loki] HYD_uii_mpx_get_parameters (./ui/mpich/utils.c:1438): unable to parse user arguments
...

我相信Anaconda的

mpi4py

正在使用mpich。如果我使用python系统，它可以工作

$ /usr/bin/python spawn.py
mpi4py: /usr/lib/python2.7/dist-packages/mpi4py/MPI.so
hello

系统

mpi4py

使用openmpi。在Anaconda中使用冲突的MPI版本生成的

mpi4py

是否存在一些问题

另外，当在

mpirun

调用下运行时，

mpi4py

包似乎在Anaconda中正常工作。比如说

# test_mpi4py.py
import mpi4py.MPI as MPI
print MPI.COMM_WORLD.Get_rank()

将给予

$ mpirun -n 2 /home/wd15/anaconda/bin/python test_mpi4py.py
0
1

---

水蟒与MPICH捆绑在一起。与使用anaconda的mpi4py不同，您需要从源代码构建自己的安装，并显式链接到系统MPI安装。

我遇到了同样的问题，一个解决方案是使用openmpi而不是mpich编译mpi4py（请参阅mpi4py文档中的“计算Pi”示例）

见未解决的问题

测试日期： Ubuntu 16.04 水蟒4.0.0 python 3.5.0 mpich 3.2.0 openmpi 1.10.2

---

mpi4py 2.0.0

我同意我可以使用系统openmpi在Anaconda的环境中构建和安装

mpi4py

，但如果能理解

spawn

为什么不能与Anaconda的本机MPI一起工作，那就太好了。在mpich中使用

spawn

命令是否存在固有问题？