Parallel processing 带两个参数的GNU并行

我有一个C-shell脚本，其中包含一个名为

$hosts\u string

的变量，其形式如下：

host1,host2,...,hostN

chr1,chr2,...,chrM

我还有一个名为

$chrs\u string

的变量，其形式如下：

host1,host2,...,hostN

chr1,chr2,...,chrM

我还有一个名为

$inputFn

的变量，它指定了我需要处理的文本文件

我想做的是让每个主机在

$chrs\u string

的每个成员上运行一个名为

doStuff

的命令，将

$inputFn

作为输入文件名参数

我尝试了以下方法：

parallel -S $hosts_string 'doStuff {1} {2} > {1}' ::: {$chrs_string} ::: {$inputFn}

parallel -S $hosts_string 'echo {1} {2} > {1}' ::: {$chrs_string} ::: {$inputFn}

如果这样做有效，应该通过

chrM

创建文件

chr1

，作为命令

doStuff

的输出，但我什么也得不到。并行完成时不会发出错误，但没有输出

如果我不使用

parallel

，命令本身就可以正常工作，因此这不是命令，而是我如何为

parallel

指定参数

为了证实这一点，我尝试了以下方法：

parallel -S $hosts_string 'doStuff {1} {2} > {1}' ::: {$chrs_string} ::: {$inputFn}

parallel -S $hosts_string 'echo {1} {2} > {1}' ::: {$chrs_string} ::: {$inputFn}

如果这是可行的，

$inputFn

是（例如）

/foo/bar

，那么（例如）我会得到一个名为

chr1

的文件，其中包含以下字符串：

chr1 /foo/bar

---

如何调整我的

parallel

命令，使其在

$chrs\u string

和

$inputFn

的每个组合上正确循环？

您已经接近了。你只是忘了：：：和：：：不一样

parallel -S $hosts_string 'echo {1} {2} > {1}' ::: {$chrs_string} :::: {$inputFn}

如果您只想在回显中显示文件名，只需执行以下操作：

parallel -S $hosts_string echo '{1}' {$inputFn} '> {1}' ::: {$chrs_string}

---

这是行不通的。只要尝试

'echo{1}{2}'

就会显示

$inputFn

的文本内容，而不是该文件的路径名。这是不正确的行为。那么我不清楚你想要什么。我编辑了我的答案，以提供更多的想法。如果这不能回答您的问题，请发布“parallel--version”的输出、输入和预期输出。