Perl 将字符串中字符的位置转换为“account”；“差距”；（即字符串中的非字母数字字符）

简而言之

我有一根像这样的线

---MNTSDSEEDACNERTALVQSESPSLPSYTRQTDPQHGTTEPKRAGHT--------LARGGVAAPRERD

我有一个位置列表和相应的字符，看起来像这样

position     character
10           A
12           N
53           V 
54           A

position     character
13           A
15           N
64           V 
65           A

my @array = ($string =~ /\w/g);
my $character = $array[$position];

此位置/字符键不考虑字符串中的连字符（-）。例如，在给定的字符串中，第一个字母M位于位置1，N位于位置2，T位于位置3，等等。第二个连字符块前的T位于位置47，该连字符块后的L位于位置48

我需要转换位置和相应字符的列表，以便该位置包含连字符。像这样的

position     character
10           A
12           N
53           V 
54           A

position     character
13           A
15           N
64           V 
65           A

my @array = ($string =~ /\w/g);
my $character = $array[$position];

我认为应该有一个足够简单的方法来做到这一点，但我是相当新的，所以我可能错过了一些明显的，对不起！我是作为Biger脚本的一部分来做这件事的，所以如果有人能用perl来完成这件事，那将是令人惊讶的。提前非常感谢，如果我能澄清任何事情或提供更多信息，请让我知道

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我尝试的

首先，我取一个等于位置值的字符子字符串，计算该子字符串中的连字符数，并将连字符数添加到原始位置。对于我列表中的第一个位置/字符，取前10个字符，然后子字符串中有3个连字符，因此10+3=13给出了正确的位置。这适用于我的大多数位置，但当原始位置落在一组连字符内（如位置53和54）时失败

我还尝试通过取出连字符，然后像这样使用原始位置值来抓取角色

position     character
10           A
12           N
53           V 
54           A

position     character
13           A
15           N
64           V 
65           A

my @array = ($string =~ /\w/g);
my $character = $array[$position];

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这很有效，但后来我很难用它来转换位置以包含连字符，因为这里有太多匹配字符，无法将我抓取的字符与带连字符的原始字符串匹配，并在其中找到位置（从一开始尝试这可能是一件愚蠢的事）.

实际字符似乎不相关。计算非连字符就足够了：

use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;
my $s = '---MNTSDSEEDACNERTALVQSESPSLPSYTRQTDPQHGTTEPKRAGHT--------LARGGVAAPRERD';
my @positions = (10,12,53,54);
my @transformed = ();
my $start = 0;

for my $loc(@positions){
    my $dist = $loc - $start;
    while ($dist){
        $dist-- if($s =~ m/[^-]/g);
    }
    my $pos = pos($s);
    push @transformed, $pos;
    $start = $loc;
}
print Dumper \@transformed;

印刷品：

$VAR1 = [
          13,
          15,
          64,
          65
        ];

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你是怎么得到这份名单的？也许只是为了解释连字符而改变它？这个字符串实际上是一个氨基酸序列，这个列表是由一个生物信息学程序生成的（基本上，这个列表上的字符是发生有趣事情的氨基酸）。更改列表以考虑连字符是我的目标/我正在寻找的建议。我能够修改此列表以适合我的脚本，它工作得非常好，非常感谢！