如何应用Unix'；s/Sed&x27；s/Perl'；s是否仅将（tr）音译为特定列？

我有这样的程序输出（tab delim）：

我只想在第一列上做：用A替换0，用C替换1，用G替换2，用T替换3。 是否有一种方法可以将直接从“mycode”导出的输出进行音译。 因此：

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA        238671
...
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACT        937.306

---

应该可以使用sed来完成，将其放在一个文件中（您可以使用命令行to，使用-e，只是不要忘记那些分号，或者对每一行使用单独的-e）。（编辑：请记住，由于您的数据是以制表符分隔的，因此在第一个s/，它实际上应该是制表符，而不是空格，请确保编辑器不会将其转换为空格）

和使用

./mycode somefile | sed -f sedfile

或

chmod 755 sedfile

和do

./mycode somefile | sedfile

执行的步骤包括：

将缓冲区复制到保留空间（替换前一行中保留的内容，如果有）

删除尾随内容（从第一个空格到行尾）

音译

从保留空间追加内容

删除换行符（从追加步骤）及其后面的所有数字（直到空格）

至少在你的数据上为我工作过

编辑：
啊，你想要一艘客轮

GNU sed

sed -e "h;s/ .*$//;y/0123/ACGT/;G;s/\n[0-3]*//"

或老式sed（无分号）

使用Perl：

C:\> ./mycode file | perl -lpe "($x,$y)=split; $x=~tr/0123/ACGT/; $_=qq{$x\t$y}" AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 238671 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAC 0 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG 0 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT 0 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACA 0 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACC 1548.81 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACG 0 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACT 937.306 使用这些：

perl -lawnF'\t' -e '$,="\t"; $F[0] =~ y/0123/ACGT/; print @F' perl-lawnF'\t'-e'$，=“\t”$F[0]=~y/0123/ACGT/；打印@F' @萨拉提

\此问题的AWK解决方案

awk '{gsub("0","A",$1);gsub("1","C",$1);gsub("2","G",$1);gsub("3","T",$1); print $1"\t"$2}' temp.txt

---

或者使用-F:perl-lawnF'/\t/'-e'$，=“\t”$F[0]=~y/0123/ACGT/；打印@F'@ysth我总是忘了

-F

。有人能建议我们如何使用awk吗？我想这会很有用。 C:\> ./mycode file | perl -lpe "($x,$y)=split; $x=~tr/0123/ACGT/; $_=qq{$x\t$y}" AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 238671 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAC 0 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG 0 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT 0 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACA 0 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACC 1548.81 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACG 0 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACT 937.306 $ ./mycode file | perl -lpe '($x,$y)=split; $x=~tr/0123/ACGT/; $_="$x\t$y"' -a autosplit mode with -n or -p (splits $_ into @F) ... -F/pattern/ split() pattern for -a switch (//'s are optional) perl -lawnF'\t' -e '$,="\t"; $F[0] =~ y/0123/ACGT/; print @F'

awk '{gsub("0","A",$1);gsub("1","C",$1);gsub("2","G",$1);gsub("3","T",$1); print $1"\t"$2}' temp.txt