Python 3.x Matlab的pdist2在python中的等价物如下

在计算大矩阵（90k x 4）的成对欧几里德距离时，有帖子显示了一个问题，因为它会导致超过内存限制

distance_matrix(MatA,MatA)

在Matlab中，pdist2命令有第五个参数。此参数限制返回距离矩阵的大小：

pdist2(MatA,MatA,'euc','Smallest',minPnts)  % minPnts is 4

为了绕过内存限制问题（Windows10上的Spyder），我求助于SplitMata循环

然而，这不仅非常缓慢，而且不确定作为替代方案是否正确

Kdlst = []
splits = np.array_split(MatA, 10)
for i in range(len(splits)):
    for j in range(i, len(splits)):
        tmpDist =  distance_matrix(splits[i], splits[j],p=2)
        Kd = np.sort(tmpDist,axis=0)
        Kd = Kd[:minPnts,:]
        Kd_ = np.sort(Kd.flatten())
        Kdlst.append(Kd_)
Kdf =  Kdlst[0]
for elem in Kdlst[1:]:
    Kdf = np.hstack((Kdf,elem))

显然，必须有更好的办法。Gpu实现是最佳的