Python 使用anaconda env运行crontab作业

我想让cron作业使用已经存在的名为my_env的anaconda python环境执行python脚本。我能想到的唯一一件事是让cron作业运行一个名为

my_script.bash

的脚本，该脚本反过来激活env，然后运行python脚本

#!/bin/bash
source activate my_env
python ~/my_project/main.py

尝试从命令行执行此脚本无效：

$ sh scripts/my_script.bash
scripts/my_script.bash: 9: scripts/my_script.bash: source: not found

---

我需要做什么来确保正确的环境被激活。可以像我5岁一样向我解释。

不要叫

sh

而是

bash

source

是一个bash命令

- sh scripts/my_script.bash
+ bash scripts/my_script.bash

或者只是

chmod +x scripts/my_script.bash
./scripts/my_script.bash

自从您添加了bash shebang之后。

我最近从Anaconda切换到Anaconda，正是为了避免在cron jobs中激活env。 基于PATH环境变量，Anaconda使这一点非常简单。（我使用的不是完整的Anaconds安装，但我相信anaconda应该以同样的方式工作）

有两种不同的方法，我已经测试过了

• 在python脚本main.py中添加一个shebang

  #/home/users/user\u name/miniconda2/envs/my\u env/bin/python

• 将路径添加到crontab的顶部

  PATH=/home/users/user\u name/miniconda2/envs/my\u env/bin

更新：

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杰罗姆的回答和卡里克的评论都是正确的。我刚刚在一个需要

pynco，

的Conda env中使用上述方法，这需要完整的Conda环境来找到合适的

nco

命令，例如

ncks，ncrcat。

通过从cron运行bash脚本来解决，该脚本首先调用Conda activate。

在我的例子中，我在运行这行shell脚本时遇到了这个错误：

source activate my_env

激活：没有这样的文件或目录

---

因此，我将

source激活我的_env

更改为

source/path/to/conda/bin/activate my_env

。然后它开始工作。

经过多次修改后，我让

crontab

用

conda激活我的_env

激活我的conda环境，并在该环境中运行Python解释器

注意，我使用的是Ubuntu 18.04

背景

• 当Anaconda安装程序初始化conda时，它会在

  ~/.bashrc

  文件的末尾追加一个代码段。每次用户以交互方式打开

  bash

  时，都会执行此文件。该代码段允许用户从

  bash

  运行

  conda

  命令（即

  conda激活我的_env

  ）

• Anaconda installer v2020.02在

  ~/.bashrc

  中添加了以下

  conda

  代码片段：

SHELL=/bin/bash
BASH_ENV=~/.bashrc_conda

• 这意味着，如果我们试图在

  crontab

  中获取

  ~/.bashrc

  文件的源代码，则

  .bashrc

  文件的其余部分将不会执行，因为

  crontab

  没有交互运行（请参见另一个）这意味着上面提到的

  conda

  代码段永远不会被

  crontab

  执行，即使我们是

  ~/.bashrc

\uuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuu 我找到的解决方案是将

conda

片段复制到一个单独的文件中

1。将

conda

片段从

~/.bashrc

复制到

~/.bashrc\u conda

将上述代码段复制到另一个文件，例如

~/.bashrc\u conda

确保：

• 运行cronjob的用户具有读取此文件的权限
• 其他用户无法写入此文件（安全风险）

2。在

crontab-e

中插入两行代码以运行

bash

而不是

sh

，并插入源代码

~/.bashrc_conda

运行

crontab-e

并在cronjob之前添加以下两行：

SHELL=/bin/bash
BASH_ENV=~/.bashrc_conda

说明：

• SHELL=/bin/bash

  意味着

  crontab

  将通过

  bash

  而不是

  sh

  （默认）运行cronjobs

• BASH_ENV=~/.bashrc_conda

  将

  conda

  代码段发送到

  BASH

  运行的

  chrontab

  。见和

3。在

crontab-e

中插入cronjob行

conda激活我的环境在所需的
.py
脚本执行之前
在所需conda环境中，每天中午12:30执行的脚本条目示例：

30 12 * * * conda activate my_env; python /path/to/script.py

注意
conda激活我的环境

\uuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuu
瞧，成功了。
有什么缺点吗？
如果
.bashrc
中的
conda
代码段被
conda
更新，它当然不会反映在单独的
.bashrc\u conda
文件中。您可能需要不时检查更新

还可以添加
；conda在cronjob结束时停用，但这可能是多余的。
我在Ubuntu 16中实现了您的解决方案，并成功地让Anaconda运行。然而，当尝试在运行的python脚本中导入PANDAS包时，我得到一个[Errno 2]没有这样的文件或目录。有没有想过为什么？我的bash命令设置非常简单
PATH=/home/dev/anaconda3/bin
python/home/dev/AUTOSIFT/script.sh
我真的不明白你的问题。sh不是python脚本。这是cron的工作吗？也许你需要先做一个conda安装程序，shell命令会触发一个python脚本。不过我还是弄明白了。问题是.sh在运行时需要设置一个PATH变量。一些包可能会注册脚本以在激活时运行。激活还设置一些包可能依赖的环境变量。因此，您应该始终使用
source activate
激活您的环境。在回答这个问题之后，我可以
30 12 * * * conda activate my_env; python /path/to/script.py