如何在python中为单个操作编写多个循环

我刚开始学习python，我真的需要完成这项工作，而且我真的不知道如何在一个巨大的信息海洋中寻找答案

我正在使用PDB解析器，我有以下代码：

#Calling the module
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser

#Defining some variables
parser = PDBParser(PERMISSIVE=1)
structure_id= "3caq"
filename = "3caq.pdb"

#This is the actual task to be done
structure = parser.get_structure(structure_id, filename)

#What I'm interested in doing
compound = structure.header['compound']
print structure_id + " |", compound

因此：

3caq{'1'：{'synonym'：'delta（4）-3-酮甾体5-β-还原酶，醛酮还原酶家族1成员d1'，'chain'：'a，b'，'misc'：'molecular'：'3-oxo-5-β-甾体4-脱氢酶'，'ec'编号'：'1.3.1.3'，'engineering'：'yes'}

问题是，我并不是只处理一个文件（在“filename”下定义），而是有数百个文件需要从中提取“header”，并且只保留所述header的“component”变量

我知道我必须为此编写循环，我尝试了以下方法：

#Defining lists
nicknames = { "3caq", "2zb7" }
structures = { "3caq.pdb", "2bz7.pdb" }

structure_id = []
for structure in structures:
       structure_id.append(nickname)
filename = []
for structure in structures:
       filename.append(structure)

然后，我向解析器提供数据，但得到一个错误

Traceback (most recent call last):
  File "/home/tomas/Escritorio/d.py", line 16, in <module>
   header = parser.get_structure(structure_id, filename)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/Bio/PDB/PDBParser.py"
  , line 82, in get_structure
   self._parse(handle.readlines())
AttributeError: 'list' object has no attribute 'readlines'

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“/home/tomas/Escritorio/d.py”，第16行，在
header=parser.get\u结构（结构\u id，文件名）
文件“/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/Bio/PDB/PDBParser.py”
，第82行，在get_结构中
self.\u解析（handle.readlines（））
AttributeError:“list”对象没有属性“readlines”

我很确定这个循环写得不正确

因此，如果我能得到一些关于如何正确编写循环的帮助，我将非常感激，无论是使用我可以检查的资源，还是使用正确的命令

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致以最诚挚的问候。

清楚的理解将有助于您解决这一问题

您需要迭代许多结构，因此使用for循环是一个很好的选择。我建议您使用列表而不是集合来存储结构和文件名

filenames = ["3caq", "2zb7" ]
structures = ["3caq.pdb", "2bz7.pdb"]

现在，您可以按结构的长度进行迭代

for each in range(len(structures)):
    structure = parser.get_structure(structures[each], filenames[each])

    compound = structure.header['compound']
    print structure_id + " |", compound

---

让我知道这是否适合你

当

get\u structure（）

需要一个字符串（

“3caq.pdb”

）时，您正在传递一个列表（

[“3caq.pdb”]

），因此出现错误

以下是如何支持多个文件：

from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser

files = {"3caq.pdb", "2bz7.pdb"}

for filename in files:
    # Defining some variables
    parser = PDBParser(PERMISSIVE=1)

    # Drop ".pdb" from filename to get structure_id
    structure_id = filename.split('.')[0]

    # This is the actual task to be done
    structure = parser.get_structure(structure_id, filename)

    # What I'm interested in doing
    compound = structure.header['compound']

    print("{} | {}".format(structure_id, compound))

为了使您的代码更好，我将把它作为一个单独的函数编写：

from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser

def get_compound_header(filename):
    # Defining some variables
    parser = PDBParser(PERMISSIVE=1)

    # Drop ".pdb" from filename to get structure_id
    structure_id = filename.split('.')[0]

    # This is the actual task to be done
    structure = parser.get_structure(structure_id, filename)

    # What I'm interested in doing
    compound = structure.header['compound']

    return "{} | {}".format(structure_id, compound)


# Main function
if __name__ == "__main__":

    files = {"3caq.pdb", "2bz7.pdb"}

    for filename in files:
        print(get_compound_header(filename))

---

“我有一个错误”-你能发布你收到的完整错误吗？对不起，我忘记了它回溯（上次的最新调用）：文件“/home/tomas/Escritorio/d.py”，第16行，在header=parser.get_structure（structure_id，filename）文件“/usr/local/lib/python2.7/dist packages/Bio/PDB/PDBParser.py”，第82行，在get_structure self（handle.readlines（））AttributeError:'list'对象没有属性'readlines'，请在您的问题中发布它。第一块代码行吗？哦，是的！谢谢：）我会编辑它，任何有索引的东西都会有帮助。您可以用它来将昵称与文件名配对并省去索引。它也行得通！非常感谢你。我不得不编辑最后一个字符串，它的结尾是：打印文件名[每个]+“|”，复合