HPC(suse linux)上的Python,无根(安装问题)

HPC(suse linux)上的Python,无根(安装问题),python,linux,installation,suse,Python,Linux,Installation,Suse,我正在尝试在没有root访问权限的HPC上安装我自己的python版本,以便可以使用我自己的软件包。到目前为止,我的头撞在墙上,一无所获。实际上,我有自己版本的python、numpy、ipython和其他几个源代码包(尽管numpy没有使用Lapack或Atlas进行优化)。我需要h5py,所以我从源代码处获得了szip和hdf5,并安装了它们,使它们能够正常运行。H5py仍然在抱怨,我找不到任何库。所以它在寻找库(我想我需要下载开发hdf5,也许我没有,仍然对这个感到困惑)。我试着从头开始。

我正在尝试在没有root访问权限的HPC上安装我自己的python版本,以便可以使用我自己的软件包。到目前为止,我的头撞在墙上,一无所获。实际上,我有自己版本的python、numpy、ipython和其他几个源代码包(尽管numpy没有使用Lapack或Atlas进行优化)。我需要h5py,所以我从源代码处获得了szip和hdf5,并安装了它们,使它们能够正常运行。H5py仍然在抱怨,我找不到任何库。所以它在寻找库(我想我需要下载开发hdf5,也许我没有,仍然对这个感到困惑)。我试着从头开始。现在我甚至无法从源代码安装python-2.7。 我运行“/configure--prefix=/u/myusername/local”,然后运行“makeinstall”,得到以下错误:

/opt/cray/xt-asyncpe/4.5/bin/cc -Xlinker -export-dynamic -o python \
Modules/python.o \
libpython2.7.a -lresolv -ldl -lutil -lm
pgcc-Error-Unknown switch: -Xlinker
pgcc-Error-Unknown switch: -export-dynamic
make: *** [python] Error 1
/usr/bin/gcc -pthread -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes Parser/acceler.o        Parser/grammar1.o Parser/listnode.o Parser/node.o Parser/parser.o Parser/parsetok.o Parser/bitset.o Parser/metagrammar.o Parser/firstsets.o Parser/grammar.o Parser/pgen.o Objects/obmalloc.o Python/mysnprintf.o Python/pyctype.o Parser/tokenizer_pgen.o Parser/printgrammar.o Parser/pgenmain.o -lpthread -ldl -lutil -o Parser/pgen
Parser/tokenizer_pgen.o: In function `.st7206':
tokenizer_pgen.c:(.data+0x308): undefined reference to `__pgdbg_stub'
Parser/printgrammar.o:(.data+0x0): undefined reference to `__pgdbg_stub'
Parser/pgenmain.o:(.data+0x0): undefined reference to `__pgdbg_stub'
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [Parser/pgen] Error 1
如果执行“导出CC=/usr/bin/gcc”,然后重复最后两个步骤,则会出现以下错误:

/opt/cray/xt-asyncpe/4.5/bin/cc -Xlinker -export-dynamic -o python \
Modules/python.o \
libpython2.7.a -lresolv -ldl -lutil -lm
pgcc-Error-Unknown switch: -Xlinker
pgcc-Error-Unknown switch: -export-dynamic
make: *** [python] Error 1
/usr/bin/gcc -pthread -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes Parser/acceler.o        Parser/grammar1.o Parser/listnode.o Parser/node.o Parser/parser.o Parser/parsetok.o Parser/bitset.o Parser/metagrammar.o Parser/firstsets.o Parser/grammar.o Parser/pgen.o Objects/obmalloc.o Python/mysnprintf.o Python/pyctype.o Parser/tokenizer_pgen.o Parser/printgrammar.o Parser/pgenmain.o -lpthread -ldl -lutil -o Parser/pgen
Parser/tokenizer_pgen.o: In function `.st7206':
tokenizer_pgen.c:(.data+0x308): undefined reference to `__pgdbg_stub'
Parser/printgrammar.o:(.data+0x0): undefined reference to `__pgdbg_stub'
Parser/pgenmain.o:(.data+0x0): undefined reference to `__pgdbg_stub'
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [Parser/pgen] Error 1
注意:如果我执行“export CC=/usr/bin/CC”并使用此CC,我会得到与gcc相同的错误

所以,简言之,我完全感到沮丧和失落。。。谷歌一直没能帮到我。我知道我问了很多问题,但如果有人能帮助我,我将永远感激


提前感谢您的时间。

这不是一个真正的编程问题。。。也许考虑对第二组错误的询问看起来是因为你有一些用波特兰编译器编译的对象文件,并试图将它们与GCC混合。在更改编译器之前,请确保整个构建中没有对象。