可选参数Python？

我需要创建一个名为extractGenes.py的程序

命令行参数需要采用2或3个参数：

-s

是一个可选参数或开关，表示用户需要剪接的基因序列（内含子已删除）。用户不必提供这个（意味着他需要整个基因序列），但如果他提供了，那么它必须是第一个参数

输入文件（带基因）

输出文件（程序将在其中创建以存储fasta文件

该文件包含如下行：

NM_001003443 chr11 + 5925152 592608098 2 5925152,5925652, 5925404,5926898,

def getGenes(input, output, s=False):
    if s:
        ...
    else:
        ...

但是，我不确定如何将

-s

可选参数包括在启动函数中

所以我从以下几点开始：

getGenes(-s, input, output):
fp = open(input, 'r')
wp = open(output, "w")

---

但是我不确定如何包含

-s

Argparse是一个python库，它将为您提供可选参数。

尝试以下方法：

NM_001003443 chr11 + 5925152 592608098 2 5925152,5925652, 5925404,5926898,

def getGenes(input, output, s=False):
    if s:
        ...
    else:
        ...

如果输入2个参数，s将为False； getGenes（输入、输出）

---

如果使用3个参数调用getGenes（），则s将是第3个参数，因此在本例中，使用任何非False值调用它将生成else子句。

这种情况非常简单，可以直接使用：

import sys

spliced = False
if '-s' in sys.argv:
    spliced = True
    sys.argv.remove('-s')
infile, outfile = sys.argv[1:]

或者，您也可以使用更强大的工具（如和）生成命令行解析器：

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser(description='Tool for extracting genes')
parser.add_argument('infile', help='source file with the genes')
parser.add_argument('outfile', help='outfile file in a FASTA format')
parser.add_argument('-s', '--spliced', action='store_true', help='remove introns')

if __name__ == '__main__':
    result = parser.parse_args('-s myin myout'.split())
    print vars(result)

---

这里的问题是，不管出于什么原因，-s必须是第一个parameter@PatrickCampbell为什么，为什么命令行上的参数顺序必须反映程序中某些函数的参数顺序？我真的不知道为什么顺序很重要，我希望我不必这样做，但我被指示…@PatrickCampbell-are您确定已指示s必须是函数的第一个参数（这只是内部实现，用户不会看到），而不仅仅是命令行上的第一个参数吗？因为您一直将其称为“-s”，这只是一种命令行参数格式，我猜它可能真的是后者。特别是因为，正如zallarak所说，前者在python中毫无意义。我对python不熟悉，不确定如何将argparse合并到程序中。我理解上面的注释，但由于我需要-s作为第一个参数，我不知道如何将-s作为有条件的…@PatrickCampbell-dm在我输入答案时回答，但我的解决方案恰恰使用了他建议的库（在这种情况下确实是要使用的库…）@RaymondHettinger，非常好，我以前从未使用过argparse。顺便说一句，我在PyCon看到你关于easy AI的演讲，非常棒。@zallarak谢谢，我很高兴你喜欢它：-）