使用Biopython将多个FASTA文件转换为Nexus时出错

我想使用BIO.SeqIO模块将多个FASTA格式文件（DNA序列）转换为NEXUS格式，但出现以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "fasta2nexus.py", line 28, in <module>
    print(process(fullpath))
  File "fasta2nexus.py", line 23, in process
    alphabet=IUPAC.ambiguous_dna)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Bio/SeqIO/__init__.py", line 1003, in convert
    with as_handle(in_file, in_mode) as in_handle:
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/contextlib.py", line 17, in __enter__
    return self.gen.next()
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Bio/File.py", line 88, in as_handle
    with open(handleish, mode, **kwargs) as fp:
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'c'

名称错误

您导入了SeqIO，但正在调用SeqIO.convert（）。Python区分大小写。该行应为：

return SeqIO.convert(filename + '.fa', "fasta", filename + '.nex', "nexus", alphabet=IUPAC.ambiguous_dna)

IOError:

用于os.WACK（测试）中的文件：

无法打开文件时引发IOError。这通常是因为提供的文件名和/或文件路径不存在

os.walk（test）

遍历路径

test

中的所有子目录。在每次迭代期间，

文件

将是3个元素的列表。第一个元素是目录的路径，第二个元素是该路径中的子目录列表，第三个元素是该路径中的文件列表。您应该将文件名传递给

process（）

，但您正在

过程（文件）

中传递列表

对于os.walk（test）中的root、dirs和文件，您已经在这个块中正确地实现了它。。我建议您在下面的

for

循环中类似地实现它

您正在将

.fa

添加到

文件名中。不要添加
.fa

---

这段代码应该可以解决我所看到的大多数问题

from __future__ import print_function # or just use Python 3!

import fileinput
import os
import re
import sys

from Bio import SeqIO, Nexus
from Bio.Alphabet import IUPAC

test = "/Users/teton/Desktop"

def process(filename):
    # retuns ("basename", "extension"), so [0] picks "basename"
    base = os.path.splitext(filename)[0] 
    return SeqIO.convert(filename, "fasta", 
                         base + ".nex", "nexus", 
                         alphabet=IUPAC.ambiguous_dna)
    
for root, dirs, files in os.walk(test):
    for file in files:
        fullpath = os.path.join(root, file)
        print(process(fullpath))

我改变了一些事情。首先，我订购了您的导入（个人物品），并确保从

Bio.Alphabet

导入

IUPAC

，这样您就可以为序列分配正确的字母表。接下来，在您的

process（）

函数中，我添加了一行，将扩展名从文件名中分离出来，然后使用完整的文件名作为第一个参数，仅使用基本文件名（不带扩展名）命名Nexus输出文件。说到这里，我假设您将在后面的代码中使用

Nexus

模块？如果没有，则应将其从导入中删除

我不确定最后一个片段的要点是什么，所以我没有包括它。不过，在其中，您似乎正在遍历文件树，并再次对每个文件执行

process（）

操作，然后引用一些名为

count

的未定义变量。相反，只需运行一次

process（）

，然后在该循环中执行

count

所指的任何操作

您可能想考虑为Road添加一些代码，以测试<代码> OS.PATION.COUNTY（）//COD>返回的文件实际上是一个FASTA文件。否则，如果任何其他文件类型在您搜索的目录中，并且您

process（）

it，则可能会发生各种奇怪的事情

编辑 好的，根据你的新代码，我有一些建议。首先是线路

files = os.listdir(os.curdir)

是完全没有必要的，正如下面定义的

process（）

函数一样，您正在重新定义

files

变量。此外，上面的行将失败，因为您没有调用

os.curdir（）

，而是将其引用传递给

os.listdir（）

底部的代码应该是这样的：

for file in os.listdir(test):
    print(process(file))

---

对于files-in-files

是多余的，使用单个参数调用

os.path.join（）

没有任何作用。

谢谢。现在我犯了这个错误！返回SeqIO.convert（filename+'.fa'，“fasta”，filename+'.nex'，“nexus”，alphabet=IUPAC.dummessive_-dna）文件“/Library/Python/2.7/site packages/Bio/SeqIO/_u-init_uuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuu.py”，第1003行，并使用as-handle（在_u文件中，在_u模式下）作为_uu-handle:File“/System/Library/Frameworks/framework，在输入return self.gen.next（）File“/Library/Python/2.7/site packages/Bio/File.py”的第88行中，以fp:IOError:[Errno 2]的形式打开（handleish，mode，**kwargs）的as_句柄，我没有编辑过这样的文件或目录来回答您的评论。我建议你编辑你的问题，将你在评论中提供的信息包括在内，这样我的回答对以后遇到这个问题的人来说是有意义的。谢谢。我会的。事实上，我不需要子目录，只需要当前目录就可以了。现在我看到这样一个错误：没有这样的文件或目录：'/Users/teton/Desktop/bucky/cluster1.fa.fa'为什么它会假设一个额外的.fa？存在cluster1.fa。如果不需要在子目录中递归。看看这个。您之所以会出现此错误，是因为您执行了

filename+'.fa'

。不要添加

.fa

@Ramon，因为您的参数包括

filename+“.fa”

。请改为传递

cluster1

，或者调整命名约定。请包含整个回溯，以便我们可以看到错误出现在哪一行。@Ramon请不要删除原始代码和问题，否则答案与问题不匹配。如果您更改了代码并出现新错误，只需在底部进行编辑。好的，很抱歉。谢谢！您可以只更改当前目录的代码吗。我得到了这个错误：文件“/Library/Python/2.7/site packages/Bio/AlignIO/uuu init_uuuuuuuuuuu.py”，第214行，在write count=writer_class（fp）中。write_File（alignments）File“/Library/Python/2.7/site packages/Bio/AlignIO/NexusIO.py”，第98行，在write_File self.write_alignment（first_“/Library/Python/2.7/site packages/Bio/AlignIO/NexusIO.py”，第105行，在write_alignment raise ValueError中（“必须至少有一个序列”）ValueError:必须至少有一个sequence@Ramon你是什么意思，只有当前目录？只要把你想扫描的目录放到

测试中就行了。我做了，但它一直说：ValueError:必须至少有一个序列。我修改了代码：test=“/Users/teton/Desktop/bucky“bucky文件夹中有数百个文件。请查看您的
.fa
文件。它们是否至少有一个序列？我刚刚在一个FASTA文件上运行了
SeqIO.convert（）
代码，我碰巧在其中有一个DNA序列，它返回了一个
.nex
文件，打印
1
（我猜序列的数量？）。请获取一些.fa
for file in os.listdir(test):
    print(process(file))