Python 未返回函数中的列表/字典_Python_Bioinformatics_Biopython

Python 未返回函数中的列表/字典

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Python 未返回函数中的列表/字典,python,bioinformatics,biopython,Python,Bioinformatics,Biopython,我试图用Python编写一个脚本，使用BioPython读取一个FASTA文件并生成一个原始DNA序列列表作为条目由于我将要编写的许多其他脚本都将使用此代码，因此我希望用于此目的的函数位于一个单独的Python文件中，我可以在我编写的每个其他脚本开始时导入该文件。包含我当前调用的函数的脚本如下所示： from Bio import SeqIO def read_fasta(dna): genome = [] for seq_record in SeqIO.parse(dna,

我试图用Python编写一个脚本，使用BioPython读取一个FASTA文件并生成一个原始DNA序列列表作为条目

由于我将要编写的许多其他脚本都将使用此代码，因此我希望用于此目的的函数位于一个单独的Python文件中，我可以在我编写的每个其他脚本开始时导入该文件。包含我当前调用的函数的脚本如下所示：

from Bio import SeqIO
def read_fasta(dna):
    genome = []
    for seq_record in SeqIO.parse(dna, "fasta"):
        genome.append(str(seq_record.seq))
    return genome

当我在Python中从cmd调用此函数时，该函数会按照我的意愿工作并读取生成列表的文件。但是，如果我再次尝试访问列表

基因组

，我会得到一个

回溯| NameError:name'genome'未定义

错误

有人能解释为什么会发生这种情况吗，即使我已经把

returngenome

语句放在这里了？我能做些什么来解决这个问题呢？

基因组

在函数的局部范围内，因此从“外部”看不到它。您应该将

read_fasta

函数的结果分配给某个变量，以便访问函数的返回结果。例如：

new\u variable=read\u fasta（“pcr\u template.fasta”）

并且它是读取的-让

新变量

被分配给函数

读取fasta

的结果，并使用

“pcr\u template.fasta”

作为参数

现在，只需通过访问

新变量基因组
就可以访问基因组（或函数返回的任何内容），因为它位于函数的局部范围内，因此从“外部”看不到它。您应该将read_fasta
函数的结果分配给某个变量，以便访问函数的返回结果。例如：
new\u variable=read\u fasta（“pcr\u template.fasta”）

并且它是读取的-让新变量
被分配给函数读取fasta
的结果，并使用“pcr\u template.fasta”
作为参数
现在，只需通过访问新变量基因组
就可以访问基因组（或函数返回的任何内容），因为它位于函数的局部范围内，因此从“外部”看不到它。您应该将read_fasta
函数的结果分配给某个变量，以便访问函数的返回结果。例如：
new\u variable=read\u fasta（“pcr\u template.fasta”）

并且它是读取的-让新变量
被分配给函数读取fasta
的结果，并使用“pcr\u template.fasta”
作为参数
现在，只需通过访问新变量基因组
就可以访问基因组（或函数返回的任何内容），因为它位于函数的局部范围内，因此从“外部”看不到它。您应该将read_fasta
函数的结果分配给某个变量，以便访问函数的返回结果。例如：
new\u variable=read\u fasta（“pcr\u template.fasta”）

并且它是读取的-让新变量
被分配给函数读取fasta
的结果，并使用“pcr\u template.fasta”
作为参数
现在，只需访问new_variable
即可访问genome
（或您的函数返回的任何内容），您可以显示堆栈跟踪吗？您可以显示脚本在哪里使用此函数和堆栈跟踪吗？您在哪里调用它？当您调用它时，它返回值，它不会创建名为genome
的变量。您必须对返回的值进行处理。在cmd中，我这样称呼它：from Bio_FASTA import*read_FASTA（“pcr_template.FASTA”），我应该如何为基因组分配变量/对其进行处理？谢谢genome=read\u fasta（“pcr\u template.fasta”）
。尽管您正在创建的这个“全局”基因组
变量与“局部”基因组
变量除了名称之外没有任何共同之处（“局部”基因组
只有在函数未完成时才存在，read\u fasta
函数才存在），但最好将其命名为其他名称，例如result=read\u fasta(“pcr_template.fasta”）
。现在，当您尝试访问结果
变量时，您将有基因组
列表。您可以显示堆栈跟踪吗？您可以显示脚本在哪里使用此函数和堆栈跟踪吗？您在哪里调用它？当您调用它时，它返回值，它不会创建名为基因组
的变量。您必须o返回值的东西。在cmd中，我这样称呼它：从Bio_FASTA import*read_FASTA（“pcr_template.FASTA”）我应该如何为基因组分配变量/使用它做些什么？谢谢！genome=read_FASTA（“pcr_template.FASTA”）
。尽管您正在创建的这个“全局”基因组
变量与“局部”基因组
变量没有任何共同之处，但名称除外（“局部”基因组
仅在read\u fasta
函数未完成时才存在），最好将其命名为其他名称，例如result=read\u fasta（“pcr\u template.fasta”）
。现在，当您尝试访问结果
变量时，您将有基因组
列表。您可以显示堆栈跟踪吗？您可以显示脚本在哪里使用此函数和堆栈跟踪吗？您在哪里调用它？当您调用它时，它返回值，它不会创建名为基因组
的变量。您必须o返回值的东西。在cmd中，我这样称呼它：从Bio_FASTA import*read_FASTA（“pcr_template.FASTA”）我应该如何为基因组分配变量/使用它做些什么？谢谢！genome=read_FASTA（“pcr_template.FASTA”）
。尽管您正在创建的“全局”基因组变量与“局部”基因组