Python hdf5storage正在转换我的数据？

Python代码：

import h5py
import hdf5storage
from functools import reduce
import numpy as np
from operator import mul

sz = 128,256,512
a = np.random.normal(size=reduce(mul,sz)).reshape(sz)
save_dict = {'data':a}

spath = r"test.mat"
hdf5storage.savemat(spath, mdict=save_dict, append_mat=False, 
                    store_python_metadata=True, format='7.3')

with h5py.File(spath, 'r') as file:
    b = np.array(file['data'])

# Reads in the correct shape, but is F-contiguous. Scipy doesn't work with v7.3 files.
c = hdf5storage.loadmat(spath)['data']

创建时，它具有一个形状（128256512）。但是，当我使用hdf5storage将a保存到.mat文件中，然后使用h5py将其加载到b中时，b被转换为（512256128）的形状。两个数组在检查其标志时都是C连续的

---

有没有办法防止这种转置发生？我的印象是hdf5格式保存了行主键

我再次查看了下面描述的

abc.h5

文件：

它是在八度音阶中创建的，具有：

>> A = [1,2,3;4,5,6];
>> B = [1,2,3,4];
>> save -hdf5 abc.h5 A B

使用

h5py

：

In [102]: f = h5py.File('abc.h5','r')
In [103]: A = f['A']['value'][:]
In [104]: A
Out[104]: 
array([[1., 4.],
       [2., 5.],
       [3., 6.]])
In [105]: A.shape
Out[105]: (3, 2)
In [106]: A.flags
Out[106]: 
  C_CONTIGUOUS : True
  F_CONTIGUOUS : False
  ...
In [107]: A.ravel()
Out[107]: array([1., 4., 2., 5., 3., 6.])

这是一个转置的C阶数组。显然，这就是MATLAB开发人员选择在HDF5中存储矩阵的方式

我可以用numpy来表达：

In [108]: At = A.T
In [109]: At
Out[109]: 
array([[1., 2., 3.],
       [4., 5., 6.]])
In [110]: At.flags
Out[110]: 
  C_CONTIGUOUS : False
  F_CONTIGUOUS : True
  ....

通常，C阶数组在转置时变为F阶

以旧的.mat格式保存的倍频程矩阵

In [115]: data = io.loadmat('../abc.mat')
In [116]: data['A']
Out[116]: 
array([[1., 2., 3.],
       [4., 5., 6.]])
In [117]: _.flags
Out[117]: 
  C_CONTIGUOUS : False
  F_CONTIGUOUS : True

因此，转置的

h5py

数组与

io.loadmat

已经使用了相当一段时间的约定相匹配

---

我没有在此操作系统上安装

hdf5storage

。但是通过您的测试，它遵循的是

io.loadmat

约定-形状正确，但顺序为F。

MATLAB约定是F-连续的。您可以在通过

scipy.io.loadmat

加载的数组中看到这一点。

HDF5

约定是C-连续的。我刚刚看了一下MATLAB/Octave生成的HDF5文件（使用

h5py

）。我不知道什么样的游戏

hdf5storage

正在使用这些约定。不幸的是，我不知道还有什么东西支持v7.3.mat文件。当尝试使用scipy时，会弹出一个错误，提示对该类型的文件使用h5py。我的同事只使用MATLAB，所以我尝试创建数据文件（.mat），我们可以轻松地来回传递。只要你与MATLAB交互，你就必须处理顺序差异和转置。在numpy中，第一个轴是最外层的。在MATLAB中，它是最后一个。