Python snakemake PICARD合并bam文件

我是使用snakemake的新手，在使用PICARD MergeSamFiles将bam文件合并为一个bam文件时遇到问题。我想将1_sorted.bam 2_sorted.bam…10_sorted.bam合并到一个具有目录名的bam文件中

import snakemake.io 
import os.path

PICARD="/data/src/picard.jar"
(SAMPLES,)=glob_wildcards("bam/{sample}_sorted.bam")
NAME=os.path.dirname

def bam_inputs(wildcards):
    files = expand("bam/{sample}_sorted.bam", sample=SAMPLES)
    INPUT = "I="+files 
    return INPUT

rule all:
    input: "bam/{NAME}.bam"

rule merge_bams:
    input: bam_inputs
    output: "bam/{NAME}.bam"
    params: mrkdup_jar="/data/src/picard.jar"
    shell: "java -Xmx16G -jar {params.mrkdup_jar} MergeSamFiles \
    {input} \
    O={output} \
    SORT_ORDER=coordinate \
    ASSUME_SORTED=false \
    USE_THREADING=true"

错误：

Building DAG of jobs...
WildcardError in line 12 of /data/data/Samples/snakemake-example/WGS-test/step3.smk:
Wildcards in input files cannot be determined from output files:
'NAME'

我不知道如何将所有bam文件合并为一个文件，也不知道如何将目录名设置为最终bam文件的变量。请给我一些建议

更新：

import snakemake.io

PICARD="/data/src/picard.jar"
(SAMPLES,)=glob_wildcards("bam/{sample}_sorted.bam")
#NAME=os.path.dirname
NAME="test"

rule all:
    input: "bam/{name}.bam".format(name=NAME)

rule merge_bams:
    input: expand("bam/{sample}_sorted.bam",sample=SAMPLES)
    output: "bam/{name}.bam".format(name=NAME)
    params: mrkdup_jar="/data/src/picard.jar"
    shell: """java -Xmx16G -jar {params.mrkdup_jar} MergeSamFiles \
    {"I=" + input} \
    O={output} \
    SORT_ORDER=coordinate \
    ASSUME_SORTED=false \
    USE_THREADING=true """

ERROR:

RuleException in line 11 of /data/data/Samples/snakemake-example/WGS-test/step3.smk:
NameError: The name '"I=" + input' is unknown in this context. Please make sure that you defined that variable. Also note that braces not used for variable access have to be escaped by repeating them, i.e. {{print $1}}

MergeSamFiles \
I= sub1_sorted.bam I=sub2_sorted.bam I=sub3_sorted.bam \
O= sub.bam \
SORT_ORDER=coordinate \
        ASSUME_SORTED=false \
        USE_THREADING=true

---

让我们考虑一下

规则all

。您需要向snakemake显示您实际希望作为目标构建的文件。没有通配符：只是一些明确的东西。你说它应该是一个有目录名的bam文件

rule all:
    input: f"bam/{NAME}.bam"

注意，使用f-string，我将通配符中的

{NAME}

转换为变量

NAME

中的精确字符串值。您可以选择任何其他方式来执行此操作，即

“bam/{name}.bam”.format（name=name）

接下来，请记住，现在“all”规则中的

{NAME}

和“merge_bams”规则中的

{NAME}

是不同的实体，因此它们没有任何共同之处。此外，通配符不必等于您在第6行定义的

NAME

变量。我会以不同的方式调用通配符，以避免误解

还有一件事：我不确定您在

bam\u inputs

函数中做了什么：

INPUT = "I="+files 

expand函数的结果应足以指定merge_bams规则的输入。如果需要为列表中的每个文件添加“I=”，请尝试在

shell:

部分正确添加：

rule merge_bams:
    input: bam_inputs
    output: "bam/{NAME}.bam"
    params: mrkdup_jar="/data/src/picard.jar"
    shell: f"""java -Xmx16G -jar {{params.mrkdup_jar}} MergeSamFiles 
        {" ".join(["I=" + s for s in input])} 
        O={{output}} 
        SORT_ORDER=coordinate 
        ASSUME_SORTED=false 
        USE_THREADING=true"""

---

我不知道有多少snakemake，但我认为，

“I=“+files

只是在文件列表中添加了一个

I=”，而您需要在每个bam文件中添加一个后缀。另一种解决方案是创建一个包含BAMs路径的所需
.list
后缀的文件，并使用
I=my.list
您的第一个问题是
NAME
不是字符串：
import os
，
NAME=os.path.dirname
，
NAME
，
`您需要定义通配符
{NAME}
中的
规则所有
，以便蛇夫知道要创建的目标。这就是错误消息所指向的。现在，您甚至可以在stackoverflow的语法突出显示中看到错误。第12行中没有结束报价。哦，谢谢。如何在snakemake inputimport snakemake.io PICARD=“/data/src/PICARD.jar”（SAMPLES，）=glob_通配符（“bam/{sample}}{u sorted.bam”）#NAME=os.path.dirname=“test”规则全部：输入：“bam/{NAME}.bam”。format（NAME=NAME）规则合并_-bams:input:expand（“bam/{sample}}sorted.bam，sample=SAMPLES”）输出：“bam/{name}.bam”.format（name=name）params:mrkdup_-jar=“/data/src/picard.jar”shell:“java-Xmx16G-jar{params.mrkdup_-jar}MergeSamFiles\{”I=“+input}\O={output}\SORT\ORDER=coordinate\asure\SORTED=false\USE\u-THREADING=true”“但是错误：在扫描字符串literalbam_输入时，/data/data/Samples/snakemake example/WGS test/step3.smk:EOL的第12行出现语法错误：我想列出该目录中的所有bam文件，然后合并它们。”。我改为展开（“bam/{sample}\u sorted.bam，sample=SAMPLES）@PeterChung错误是一个语法问题。不幸的是，注释不允许正确的格式，因此无法检查语法。请将该代码作为问题的更新。请描述哪一行有数字12。