在使用子流程的python脚本中，将sed与变量一起使用_Python_Sed

在使用子流程的python脚本中，将sed与变量一起使用

python sed

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我想在python脚本中使用sed或tr在fastafile中引入一个ID

我试过了，但上面说syntaxError：

subprocess.call（['sed's/>/>'+identifier+'/g\'transcriptome'）]，shell=True）

其中标识符和路径是变量。它必须是循环的一部分，对于每个ID和引入的路径，它必须更改tipical fasta格式：>isotig123到>IDisotig123。每个都有相应的ID

谢谢。

试试这个

subprocess.call(['sed -e "s/>/>'+identifier+'/g" '+path+' >transcriptome')],shell=True)

将sed操作周围的
```
\'
```
替换为
```
“
```
”

替换

sed命令及其参数之间缺少空格。请尝试以下操作：
subprocess.call(['sed \'s/>/>'+identifier+'/g\' <'+path+'>transcriptome')],shell=True)

subprocess.call（['sed's/>/>'+identifier+'/g\'transcriptome'），shell=True）
对不起，问题是我该怎么做。试着打印您输入到call
的字符串，看看它是否与您认为的匹配。另外，您知道Python有一个re
模块，可用于正则表达式匹配和替换吗？