ized_ydata1.append(“错误”) 规范化的xdata1.append(xdata1[i]) 如果denatureMethod==“HD”:#第一个点是1,最后一个点是0 对于ydata1中的元素:#1从开头读取,查找第一个数据=0,设为B 如果元素=0: B=元素#集合1 打破 对于反向(ydata1)中的元素:#2从末尾读取,查找第一个数据=0,让它成为一个 如果元素=0: A=元素#集0 打破 对于范围内的i(len(ydata1)): 如果ydata1[i]=0: 每个数据的元素=(ydata1[i]-A)/(B-A)#3=0,标准化数据=(数据-A)/(B-A) 规范化的数据1.append(元素) 规范化扩展数据1.append(扩展数据1[i])#4对于每个规范化扩展数据,找到扩展数据,使其规范化扩展数据 其他: 规范化的数据1.append(“错误”) 规范化的xdata1.append(xdata1[i]) #设置拟合和绘图的数据集 xplot1=[] yplot1=[] 对于范围内的i(len(归一化的_ydata1)): 如果标准化_ydata1[i]=“错误”: yplot1.append(规范化的\u ydata1[i]) xplot1.append(规范化的\u xdata1[i]) #将Rep1拟合到s曲线 所有拟合结果输出=[] popt1,pcov1=曲线拟合(S形,xplot1,yplot1) AL_fit_result_output.extend(popt1)#将两个列表合并为一个大列表 #popt具有回归方程(x,B,A,Chalf,B)中的所有参数(变量) #所有拟合结果输出中的行[-,0,1,2,3] 如果denatureMethod==“CD”: x1=np.linspace(0,4,50) 如果变性方法==“HD”: x1=np.linspace(0,1.2,50) y1=乙状结肠(x1,*popt1)#*popt将两个变量分开 AL_Chalf=AL_拟合结果输出[2] AL_b=AL_拟合结果输出[3] #计算置信区间 numOfPoint_AL_repA=浮动(numOf rep1_pts) sumPoints_AL=numOfPoint_AL_repA tempRow.append(sumPoints#AL)#[6] 标准误差=np.sqrt(np.diag(pcov1)) AL_fit_result_output.extend(AL_Standard_error)#[4,5,6,7]=[Berror,Aeror,Chalferror,Berror] 所有置信区间=t.ppf(.975,(sumPoints_AL-1))*所有拟合结果输出[6]/np.sqrt(sumPoints_AL) AL_fit_result_output.append(AL_ConfidenceInterval_chalf)#[8] 如果denatureMethod==“CD”: CI_比率范围=所有置信区间_chalf/CD_conc_范围 AL_fit_result_output.append(CI_ratiorange)#[9] 如果变性方法==“HD”: CI\u比率范围=所有置信区间\u上限/上限\u温度范围 AL_fit_result_output.append(CI_ratiorange)#[9] AL_CI_Chalf_lowbound=AL_Chalf-AL_fit_结果_输出[8] AL_CI_Chalf_upbound=AL_Chalf+AL_fit_结果_输出[8] AL_fit_result_output.append(AL_CI_Chalf_lowbound)#[10] AL_fit_result_output.append(AL_CI_Chalf_upbound)#[11] 所有置信区间=t.ppf(.975,(sumPoints_AL-1))*所有拟合结果输出[7]/np.sqrt(sumPoints_AL) AL_fit_result_output.append(AL_ConfidenceInterval_b)#[12] AL_CI_b_lowbound=AL_b-AL_拟合结果输出[12] AL_CI_b_upbound=AL_b+AL_拟合结果输出[12] AL_fit_result_output.append(AL_CI_b_lowbound)#[13] AL_fit_result_output.append(AL_CI_b_upbound)#[14] #计算r平方 残差=(yplot1)-sigmoid((xplot1),*popt1) ss_res=np.和(残差**2) ss_tot=np.和(((yplot1)-np.平均值(yplot1))**2) r_平方d1=1-(s_res/s_tot) AL_fit_result_output.append(r_squared1)#[15];将某物添加到列表中 如果变性方法==“HD”: Chalf1_temp=(AL_Chalf*HD_temp_范围)+HD_temp_下限 AL_fit_result_output.append(Chalf1_temp)#[16] 如果denatureMethod==“CD”: Chalf1\u归一化=AL\u Chalf/CD\u浓度范围 AL_fit_result_output.append(Chalf1_normalized)#[16] tempRow.extend(所有拟合结果输出) tempRow.extend(标准化数据1) #生成图形 如果CI_比率范围导入操作系统 操作系统(python3)
第一个脚本在最后一个脚本完成执行之前不会关闭,但这应该不是问题,因为它是单线程的。要完成此操作,您可以使用以下“驱动程序”脚本,但要使用它,您还需要修改数据分析脚本,以便它接受输入和输出文件名作为命令行参数 还要注意文件位置和名称如何添加了ized_ydata1.append(“错误”) 规范化的xdata1.append(xdata1[i]) 如果denatureMethod==“HD”:#第一个点是1,最后一个点是0 对于ydata1中的元素:#1从开头读取,查找第一个数据=0,设为B 如果元素=0: B=元素#集合1 打破 对于反向(ydata1)中的元素:#2从末尾读取,查找第一个数据=0,让它成为一个 如果元素=0: A=元素#集0 打破 对于范围内的i(len(ydata1)): 如果ydata1[i]=0: 每个数据的元素=(ydata1[i]-A)/(B-A)#3=0,标准化数据=(数据-A)/(B-A) 规范化的数据1.append(元素) 规范化扩展数据1.append(扩展数据1[i])#4对于每个规范化扩展数据,找到扩展数据,使其规范化扩展数据 其他: 规范化的数据1.append(“错误”) 规范化的xdata1.append(xdata1[i]) #设置拟合和绘图的数据集 xplot1=[] yplot1=[] 对于范围内的i(len(归一化的_ydata1)): 如果标准化_ydata1[i]=“错误”: yplot1.append(规范化的\u ydata1[i]) xplot1.append(规范化的\u xdata1[i]) #将Rep1拟合到s曲线 所有拟合结果输出=[] popt1,pcov1=曲线拟合(S形,xplot1,yplot1) AL_fit_result_output.extend(popt1)#将两个列表合并为一个大列表 #popt具有回归方程(x,B,A,Chalf,B)中的所有参数(变量) #所有拟合结果输出中的行[-,0,1,2,3] 如果denatureMethod==“CD”: x1=np.linspace(0,4,50) 如果变性方法==“HD”: x1=np.linspace(0,1.2,50) y1=乙状结肠(x1,*popt1)#*popt将两个变量分开 AL_Chalf=AL_拟合结果输出[2] AL_b=AL_拟合结果输出[3] #计算置信区间 numOfPoint_AL_repA=浮动(numOf rep1_pts) sumPoints_AL=numOfPoint_AL_repA tempRow.append(sumPoints#AL)#[6] 标准误差=np.sqrt(np.diag(pcov1)) AL_fit_result_output.extend(AL_Standard_error)#[4,5,6,7]=[Berror,Aeror,Chalferror,Berror] 所有置信区间=t.ppf(.975,(sumPoints_AL-1))*所有拟合结果输出[6]/np.sqrt(sumPoints_AL) AL_fit_result_output.append(AL_ConfidenceInterval_chalf)#[8] 如果denatureMethod==“CD”: CI_比率范围=所有置信区间_chalf/CD_conc_范围 AL_fit_result_output.append(CI_ratiorange)#[9] 如果变性方法==“HD”: CI\u比率范围=所有置信区间\u上限/上限\u温度范围 AL_fit_result_output.append(CI_ratiorange)#[9] AL_CI_Chalf_lowbound=AL_Chalf-AL_fit_结果_输出[8] AL_CI_Chalf_upbound=AL_Chalf+AL_fit_结果_输出[8] AL_fit_result_output.append(AL_CI_Chalf_lowbound)#[10] AL_fit_result_output.append(AL_CI_Chalf_upbound)#[11] 所有置信区间=t.ppf(.975,(sumPoints_AL-1))*所有拟合结果输出[7]/np.sqrt(sumPoints_AL) AL_fit_result_output.append(AL_ConfidenceInterval_b)#[12] AL_CI_b_lowbound=AL_b-AL_拟合结果输出[12] AL_CI_b_upbound=AL_b+AL_拟合结果输出[12] AL_fit_result_output.append(AL_CI_b_lowbound)#[13] AL_fit_result_output.append(AL_CI_b_upbound)#[14] #计算r平方 残差=(yplot1)-sigmoid((xplot1),*popt1) ss_res=np.和(残差**2) ss_tot=np.和(((yplot1)-np.平均值(yplot1))**2) r_平方d1=1-(s_res/s_tot) AL_fit_result_output.append(r_squared1)#[15];将某物添加到列表中 如果变性方法==“HD”: Chalf1_temp=(AL_Chalf*HD_temp_范围)+HD_temp_下限 AL_fit_result_output.append(Chalf1_temp)#[16] 如果denatureMethod==“CD”: Chalf1\u归一化=AL\u Chalf/CD\u浓度范围 AL_fit_result_output.append(Chalf1_normalized)#[16] tempRow.extend(所有拟合结果输出) tempRow.extend(标准化数据1) #生成图形 如果CI_比率范围导入操作系统 操作系统(python3),python,Python,第一个脚本在最后一个脚本完成执行之前不会关闭,但这应该不是问题,因为它是单线程的。要完成此操作,您可以使用以下“驱动程序”脚本,但要使用它,您还需要修改数据分析脚本,以便它接受输入和输出文件名作为命令行参数 还要注意文件位置和名称如何添加了r前缀。这是因为Windows使用反斜杠\字符作为路径组件分隔符,但在Python字符串文本中使用时具有特殊意义。前缀阻止这种解释,并将它们视为本例中所需的普通字符 或者,您也可以将它们全部更改为前向斜杠/字符,而不需要添加r前缀,因为它们在Python脚本中
r
前缀。这是因为Windows使用反斜杠\
字符作为路径组件分隔符,但在Python字符串文本中使用时具有特殊意义。前缀阻止这种解释,并将它们视为本例中所需的普通字符
或者,您也可以将它们全部更改为前向斜杠/
字符,而不需要添加r
前缀,因为它们在Python脚本中也用作路径分隔符
无论如何,下面是驱动程序脚本(如果它支持Python脚本的执行,您可以从编辑器中执行):
为了让它正常工作,您还需要在数据分析脚本的开头添加如下内容,并删除它当前使用的硬编码输入和输出文件名
下面是一个需要在开头添加的示例:
import sys
try:
infile_locationAndName = sys.argv[1]
outfile_locationAndName = sys.argv[2]
except IndexError:
print('ERROR: wrong number of command-line arguments passed')
print(' Usage: "{}" <input file name> <output file name>'.format(
os.path.basename(__file__)))
raise RuntimeError('Missing two required command-line arguments')
# Rest of the (modified) data analysis script ...
导入
import os
os.system(python3 <file> <arg1> <arg2> <arg3>)
import subprocess
import sys
analysis_script = 'data_analysis.py'
file_list = [
[r"G:\BYU OneDrive_G\OneDrive - BYU Office 365\BYU\===Price lab===\Coding\\1023-CD+HD +multi rep\\1023-input_python_test.csv",
r"G:\BYU OneDrive_G\OneDrive - BYU Office 365\BYU\===Price lab===\Coding\\1023-CD+HD +multi rep\\1026-CDtest_output.csv"
],
[r"G:\BYU OneDrive_G\OneDrive - BYU Office 365\BYU\===Price lab===\Coding\\1023-CD+HD +multi rep\\1036-input_python_test.csv",
r"G:\BYU OneDrive_G\OneDrive - BYU Office 365\BYU\===Price lab===\Coding\\1023-CD+HD +multi rep\\1042-CDtest_output.csv"
],
# etc ...
]
for infile, outfile in file_list:
# Note: It's important to put double quotes around everything in case they
# have embedded space characters in them.
command = '"%s" "%s" "%s" "%s"' % (sys.executable, # command
analysis_script, # argv[0]
infile, # argv[1]
outfile) # argv[2]
subprocess.Popen(command) # Run script and pass it the files.
print('Done')
import sys
try:
infile_locationAndName = sys.argv[1]
outfile_locationAndName = sys.argv[2]
except IndexError:
print('ERROR: wrong number of command-line arguments passed')
print(' Usage: "{}" <input file name> <output file name>'.format(
os.path.basename(__file__)))
raise RuntimeError('Missing two required command-line arguments')
# Rest of the (modified) data analysis script ...
python script1.py
python script2.py
...