使用python查找字符串中具有特定长度的重复

我试图使用该模块查找给定字符串（30个字符）中的非重叠重复（重复子字符串），并满足以下要求：

我只对6-15个字符长的非重叠重复感兴趣

允许1个错误匹配

返回每场比赛的位置

我想到的一种方法是，对于每个可能的重复长度，让python循环通过30char字符串输入。比如说,

string = "ATAGATATATGGCCCGGCCCATAGATATAT" #input

#for 6char repeats, first one in loop would be for the following event:

text = "ATAGAT"
text2 ="(" + text + ")"+ "{e<=1}" #this is to allow 1 mismatch later in regex

string2="ATATGGCCCGGCCCATAGATATAT" #string after excluding text

for x in regex.finditer(text2,string2,overlapped=True):
    print x.span()

#then still for 6char repeats, I will move on to text = "TAGATA"...
#after 6char, loop again for 7char...

string=“atagattggcccggcccatagatat”#输入
#对于6char重复，循环中的第一个将用于以下事件：
text=“ATAGAT”
text2=“（“+text+”）“+”{e我会尝试直接的算法，而不是正则表达式（在本例中，正则表达式非常混乱）

s=“atagattggcccggcccatagatat”
def模糊_比较（s1、s2）：
#健康检查
如果len（s1）！=len（s2）：
返回错误
差异=0
对于拉链中的a、b（s1、s2）：
如果a！=b：
差值+=1
如果差异>1：
返回错误
返回真值
slen=len（s）#30
对于范围（6,16）内的l：
i=0
（i+l*2）你能添加一个输入和期望的输出来让你的问题更清楚吗？谢谢你指出@Kasra AD，我刚刚做了一些编辑，希望现在能更清楚一点。输入是字符串，输出是带位置索引的重复。你没有解释的是“重复”是什么。是“atagatat”重复？如果是，为什么？只有一些字母是重复的。为什么“ggggggggggg”不是重复的？这看起来很重复。什么东西是重复的？@Helene welcome，现在如果你也回答Brionius的问题，我将不胜感激！@Brionius感谢你的回答---很抱歉我错过了GGGG部分，只是做了更多的编辑。是的，这是重复。谢谢@StanislaveShabalin。我试用了你的代码，我同意它比使用正则表达式更清晰。但是我注意到t中间有1个不匹配的“TGGCCC”和“GGCCCA”的重复没有被调用。另外，您建议如何解决冗余问题？因为最长重复的部分区域将被计算为较小的重复。我现在正在处理这些问题，但只想让您保持联系。谢谢。@Helene，“TGGCCC”和“GGCCCA”“与1不匹配的情况下不会被调用"怎么会有1个错配呢？我在开头看到了2个：T&G，在结尾看到了C&A。@StanislavShablin非常感谢您的更新。关于错配，您是对的——我想我太习惯于基因测序的观点了。现在不用担心。我会把您的答案记下来。谢谢。@Helene，没问题，如果有错，请马上问还有什么问题吗！
s = "ATAGATATATGGCCCGGCCCATAGATATAT"

def fuzzy_compare(s1, s2):
    # sanity check
    if len(s1) != len(s2):
        return False

    diffs = 0
    for a, b in zip(s1, s2):
        if a != b:
            diffs += 1

        if diffs > 1:
            return False        

    return True

slen = len(s) # 30
for l in range(6, 16):
  i = 0
  while (i + l * 2) <= slen:
    sub1 = s[i:i+l]
    for j in range(i+l, slen - l):
        sub2 = s[j:j+l]
        if fuzzy_compare(sub1, sub2):
            # checking if this could be partial
            partial = False
            if i + l < j and j + l < slen:
                extsub1 = s[i:i+l+1]
                extsub2 = s[j:j+l+1]
                # if it is partial, we'll get it later in the main loop
                if fuzzy_compare(extsub1, extsub2):
                   partial = True

            if not partial: 
                print (i, i+l), (j, j+l)

    i += 1