Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/2/python/289.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
Python 作业选项不定义提交作业的数量_Python_Slurm_Snakemake_Sbatch - Fatal编程技术网

Python 作业选项不定义提交作业的数量

Python 作业选项不定义提交作业的数量,python,slurm,snakemake,sbatch,Python,Slurm,Snakemake,Sbatch,我用来触发snakemake的命令是: snakemake --snakefile Snakefile --configfile config.json --latency-wait 60 --rerun-incomplete --keep-going --notemp --reason --use-singularity --singularity-args "--bind /somepath/folder" --jobs 400 --cores 16 --cluster-config clu

我用来触发snakemake的命令是:

snakemake --snakefile Snakefile --configfile config.json --latency-wait 60 --rerun-incomplete --keep-going --notemp --reason --use-singularity --singularity-args "--bind /somepath/folder" --jobs 400 --cores 16 --cluster-config clusterConfiguration/cluster.json --cluster "sbatch --partition={cluster.queue} --job-name={cluster.name} --cpus-per-task={cluster.nCPUs} --mem={cluster.memory} --time={cluster.maxTime} --output=\"jobs/{cluster.rulename}/slurm_%x_%A_%a.out\""
由于某些原因,我一次提交的工作不超过20份。查看文档,我认为我必须使用:

--max-jobs-per-second
--max-status-checks-per-second
我不明白为何会有这些选择。如果-jobs定义了提交作业的最大数量,那么为什么我们要定义每秒最多的集群/drmaa作业数量?这是什么意思

对于第二个选项,每秒作业状态检查的最大数量意味着什么

最后,将这两个选项设置为400是否可以使我同时运行400个作业?我可以试试,但我想先了解一下

谢谢

如果您运行snakemake-help,这些选项都有文档记录。-jobs标志与您已经使用的-core标志同义,这将核心数量(即多处理作业)限制为16个

-max jobs per second是作业提交到群集的最大速率,即对计划程序的影响。通常不需要指定此标志或每秒-max状态检查;默认值通常可以

  --cores [N], --jobs [N], -j [N]
                        Use at most N cores in parallel (default: 1). If N is
                        omitted, the limit is set to the number of available
                        cores.

  --max-jobs-per-second MAX_JOBS_PER_SECOND
                        Maximal number of cluster/drmaa jobs per second,
                        default is 10, fractions allowed.
  --max-status-checks-per-second MAX_STATUS_CHECKS_PER_SECOND
                        Maximal number of job status checks per second,
                        default is 10, fractions allowed.