Python 在networkX中读取gml文件时，获取ParseException:Expected"；]&引用；

我试图从networkX读取一个GML（图形建模语言）文件，但它返回一个ParseError

我只写了几行代码：

import networkx as nx
G = nx.read_gml('test.gml')
print G.node

这是GML文件：

graph [
  directed 1
  node [
    id 0
    label 1
    shape 
    name "square"
    center (132, 258)
  ]
  node [
    id 1
    label 2
    shape 
    name "triangle"
    center (132, 128)
  ]
  edge [
    source 0
    target 1
    relation "below"
  ]
  edge [
    source 1
    target 0
    relation "above"
  ]
]

这就是我得到的错误：

ParseException: Expected "]" (at char 23), (line:3, col:3)

但是，我没有发现任何

]

缺失的问题 解析器与您的输入混淆。我以前从未使用过gml，但我一次构建一个gml文件，发现了两个问题

形状

键没有值

具有类似元组的值的键

（132258）

假设这是正确的，则有4种可能的值类型：

一个值可能有四种类型中的一种，即整数（gml类型）$ _$int）、双精度（键入gml$\u$double）、字符串（键入gml$ _$string）或GML对象列表（键入GML$\u$list）

因此，

（132258）

是无效的，我认为没有值也是无效的

尝试下面注释掉的gml，它将加载

graph [
  directed 1
  node [
    id 0
    label 1
    #shape 
    name "square"
    #center (132, 258)
  ]
  node [
    id 1
    label 2
    #shape 
    name "triangle"
    #center (132, 128)
  ]
  edge [
    source 0
    target 1
    relation "below"
  ]
  edge [
    source 1
    target 0
    relation "above"
  ]
]

替代解决方案 我发现

nx.write\u gml

不支持包括嵌套图在内的混合图。因此，即使您正确地创建了图形，它也不会正确地将其写入文件

这里有一个替代的平面结构，它将写入，尽管我不知道这是否是一种构造数据的好方法。它制作的标签可以用来标识每个形状的角

import networkx as nx

dg = nx.DiGraph()

# square data
square_label = '0'
square_corners = [(0, 0), (0, 1), (1, 1), (1, 0)]

# main square node
dg.add_node(square_label, name='square')
# shape data for square
base_id = '{0}.corners.'.format(square_label)
last_corner_id = '{0}{1}'.format(base_id, len(square_corners)-1)
for i, corner in enumerate(square_corners):
    x, y = corner
    corner_id = '{0}{1}'.format(base_id, i)
    dg.add_node(corner_id, x=x, y=y)
    # instead of linking the square to every corner, you might want to link
    # only to one corner and handle the cycle with edges between the corners
    # or whatever. there are many ways it could be done I guess.
    dg.add_edge(square_label, corner_id)  # link from square to each corner
    dg.add_edge(last_corner_id, corner_id)  # corner to corner edges
    last_corner_id = corner_id

nx.write_gml(dg, 'test.gml')

输出：

graph [
  directed 1
  node [
    id 1
    label "0"
    name "square"
  ]
  node [
    id 0
    label "0.corners.1"
    y 1
    x 0
  ]
  node [
    id 2
    label "0.corners.3"
    y 0
    x 1
  ]
  node [
    id 3
    label "0.corners.2"
    y 1
    x 1
  ]
  node [
    id 4
    label "0.corners.0"
    y 0
    x 0
  ]
  edge [
    source 0
    target 3
  ]
  edge [
    source 1
    target 0
  ]
  edge [
    source 1
    target 4
  ]
  edge [
    source 1
    target 2
  ]
  edge [
    source 1
    target 3
  ]
  edge [
    source 2
    target 4
  ]
  edge [
    source 3
    target 2
  ]
  edge [
    source 4
    target 0
  ]
]

眼前的问题 解析器与您的输入混淆。我以前从未使用过gml，但我一次构建一个gml文件，发现了两个问题

形状

键没有值

具有类似元组的值的键

（132258）

假设这是正确的，则有4种可能的值类型：

一个值可能有四种类型中的一种，即整数（gml类型）$ _$int）、双精度（键入gml$\u$double）、字符串（键入gml$ _$string）或GML对象列表（键入GML$\u$list）

因此，

（132258）

是无效的，我认为没有值也是无效的

尝试下面注释掉的gml，它将加载

graph [
  directed 1
  node [
    id 0
    label 1
    #shape 
    name "square"
    #center (132, 258)
  ]
  node [
    id 1
    label 2
    #shape 
    name "triangle"
    #center (132, 128)
  ]
  edge [
    source 0
    target 1
    relation "below"
  ]
  edge [
    source 1
    target 0
    relation "above"
  ]
]

替代解决方案 我发现

nx.write\u gml

不支持包括嵌套图在内的混合图。因此，即使您正确地创建了图形，它也不会正确地将其写入文件

这里有一个替代的平面结构，它将写入，尽管我不知道这是否是一种构造数据的好方法。它制作的标签可以用来标识每个形状的角

import networkx as nx

dg = nx.DiGraph()

# square data
square_label = '0'
square_corners = [(0, 0), (0, 1), (1, 1), (1, 0)]

# main square node
dg.add_node(square_label, name='square')
# shape data for square
base_id = '{0}.corners.'.format(square_label)
last_corner_id = '{0}{1}'.format(base_id, len(square_corners)-1)
for i, corner in enumerate(square_corners):
    x, y = corner
    corner_id = '{0}{1}'.format(base_id, i)
    dg.add_node(corner_id, x=x, y=y)
    # instead of linking the square to every corner, you might want to link
    # only to one corner and handle the cycle with edges between the corners
    # or whatever. there are many ways it could be done I guess.
    dg.add_edge(square_label, corner_id)  # link from square to each corner
    dg.add_edge(last_corner_id, corner_id)  # corner to corner edges
    last_corner_id = corner_id

nx.write_gml(dg, 'test.gml')

输出：

graph [
  directed 1
  node [
    id 1
    label "0"
    name "square"
  ]
  node [
    id 0
    label "0.corners.1"
    y 1
    x 0
  ]
  node [
    id 2
    label "0.corners.3"
    y 0
    x 1
  ]
  node [
    id 3
    label "0.corners.2"
    y 1
    x 1
  ]
  node [
    id 4
    label "0.corners.0"
    y 0
    x 0
  ]
  edge [
    source 0
    target 3
  ]
  edge [
    source 1
    target 0
  ]
  edge [
    source 1
    target 4
  ]
  edge [
    source 1
    target 2
  ]
  edge [
    source 1
    target 3
  ]
  edge [
    source 2
    target 4
  ]
  edge [
    source 3
    target 2
  ]
  edge [
    source 4
    target 0
  ]
]

眼前的问题 解析器与您的输入混淆。我以前从未使用过gml，但我一次构建一个gml文件，发现了两个问题

形状

键没有值

具有类似元组的值的键

（132258）

假设这是正确的，则有4种可能的值类型：

一个值可能有四种类型中的一种，即整数（gml类型）$ _$int）、双精度（键入gml$\u$double）、字符串（键入gml$ _$string）或GML对象列表（键入GML$\u$list）

因此，

（132258）

是无效的，我认为没有值也是无效的

尝试下面注释掉的gml，它将加载

graph [
  directed 1
  node [
    id 0
    label 1
    #shape 
    name "square"
    #center (132, 258)
  ]
  node [
    id 1
    label 2
    #shape 
    name "triangle"
    #center (132, 128)
  ]
  edge [
    source 0
    target 1
    relation "below"
  ]
  edge [
    source 1
    target 0
    relation "above"
  ]
]

替代解决方案 我发现

nx.write\u gml

不支持包括嵌套图在内的混合图。因此，即使您正确地创建了图形，它也不会正确地将其写入文件

这里有一个替代的平面结构，它将写入，尽管我不知道这是否是一种构造数据的好方法。它制作的标签可以用来标识每个形状的角

import networkx as nx

dg = nx.DiGraph()

# square data
square_label = '0'
square_corners = [(0, 0), (0, 1), (1, 1), (1, 0)]

# main square node
dg.add_node(square_label, name='square')
# shape data for square
base_id = '{0}.corners.'.format(square_label)
last_corner_id = '{0}{1}'.format(base_id, len(square_corners)-1)
for i, corner in enumerate(square_corners):
    x, y = corner
    corner_id = '{0}{1}'.format(base_id, i)
    dg.add_node(corner_id, x=x, y=y)
    # instead of linking the square to every corner, you might want to link
    # only to one corner and handle the cycle with edges between the corners
    # or whatever. there are many ways it could be done I guess.
    dg.add_edge(square_label, corner_id)  # link from square to each corner
    dg.add_edge(last_corner_id, corner_id)  # corner to corner edges
    last_corner_id = corner_id

nx.write_gml(dg, 'test.gml')

输出：

graph [
  directed 1
  node [
    id 1
    label "0"
    name "square"
  ]
  node [
    id 0
    label "0.corners.1"
    y 1
    x 0
  ]
  node [
    id 2
    label "0.corners.3"
    y 0
    x 1
  ]
  node [
    id 3
    label "0.corners.2"
    y 1
    x 1
  ]
  node [
    id 4
    label "0.corners.0"
    y 0
    x 0
  ]
  edge [
    source 0
    target 3
  ]
  edge [
    source 1
    target 0
  ]
  edge [
    source 1
    target 4
  ]
  edge [
    source 1
    target 2
  ]
  edge [
    source 1
    target 3
  ]
  edge [
    source 2
    target 4
  ]
  edge [
    source 3
    target 2
  ]
  edge [
    source 4
    target 0
  ]
]

眼前的问题 解析器与您的输入混淆。我以前从未使用过gml，但我一次构建一个gml文件，发现了两个问题

形状

键没有值

具有类似元组的值的键

（132258）

假设这是正确的，则有4种可能的值类型：

一个值可能有四种类型中的一种，即整数（gml类型）$ _$int）、双精度（键入gml$\u$double）、字符串（键入gml$ _$string）或GML对象列表（键入GML$\u$list）

因此，

（132258）

是无效的，我认为没有值也是无效的

尝试下面注释掉的gml，它将加载

graph [
  directed 1
  node [
    id 0
    label 1
    #shape 
    name "square"
    #center (132, 258)
  ]
  node [
    id 1
    label 2
    #shape 
    name "triangle"
    #center (132, 128)
  ]
  edge [
    source 0
    target 1
    relation "below"
  ]
  edge [
    source 1
    target 0
    relation "above"
  ]
]

替代解决方案 我发现

nx.write\u gml

不支持包括嵌套图在内的混合图。因此，即使您正确地创建了图形，它也不会正确地将其写入文件

这里有一个替代的平面结构，它将写入，尽管我不知道这是否是一种构造数据的好方法。它制作的标签可以用来标识每个形状的角

import networkx as nx

dg = nx.DiGraph()

# square data
square_label = '0'
square_corners = [(0, 0), (0, 1), (1, 1), (1, 0)]

# main square node
dg.add_node(square_label, name='square')
# shape data for square
base_id = '{0}.corners.'.format(square_label)
last_corner_id = '{0}{1}'.format(base_id, len(square_corners)-1)
for i, corner in enumerate(square_corners):
    x, y = corner
    corner_id = '{0}{1}'.format(base_id, i)
    dg.add_node(corner_id, x=x, y=y)
    # instead of linking the square to every corner, you might want to link
    # only to one corner and handle the cycle with edges between the corners
    # or whatever. there are many ways it could be done I guess.
    dg.add_edge(square_label, corner_id)  # link from square to each corner
    dg.add_edge(last_corner_id, corner_id)  # corner to corner edges
    last_corner_id = corner_id

nx.write_gml(dg, 'test.gml')

输出：

graph [
  directed 1
  node [
    id 1
    label "0"
    name "square"
  ]
  node [
    id 0
    label "0.corners.1"
    y 1
    x 0
  ]
  node [
    id 2
    label "0.corners.3"
    y 0
    x 1
  ]
  node [
    id 3
    label "0.corners.2"
    y 1
    x 1
  ]
  node [
    id 4
    label "0.corners.0"
    y 0
    x 0
  ]
  edge [
    source 0
    target 3
  ]
  edge [
    source 1
    target 0
  ]
  edge [
    source 1
    target 4
  ]
  edge [
    source 1
    target 2
  ]
  edge [
    source 1
    target 3
  ]
  edge [
    source 2
    target 4
  ]
  edge [
    source 3
    target 2
  ]
  edge [
    source 4
    target 0
  ]
]

---

形状的中心不是问题，因为我可以从图形中删除它们。GML文件中不需要它们。而形状真的很重要。它是构成保存为节点的形状的角点的子图。在主python程序中，我保存了一个名为“三角形”的节点，其形状具有角点的子图。所以我不知道为什么它没有保存到GML文件中

G.add_节点（count，name='triangle'，shape=tr）

。Myabe这是错的，我不知道。

tr子图（…）

中的

tr

是什么？除非它是我上面写的4种类型之一，否则我很确定这是无效的。是否确实要在三角形节点中放置一个子图？我认为你必须做一个单独的

G1。添加节点（G2，…）

来做到这一点。想象一个层次结构的不同层：在顶层应该有一个只包含s的图G