Python 到字符串中的某个位置

我想得到一个字符串上的某个点，它与给定的相反（从反面）

aaaaaaaaaaaaccccccccccccttttttttttgggggggg TTTTTTTTGGGGGGGGGGAAAAAAAAAACCCCCC

所以你需要转换坐标。在底部钢绞线上，底部0（最右边的C）与顶部钢绞线上的底部39相对。1号基地对38号基地。2号基地反对案件37。（重要的一点：注意当你每次把这两个数字加起来时会发生什么。）所以基数10和基数29相对，基数19和基数20相对

所以：如果我想找到底部链的基数10-20，我可以查看顶部链的基数20-29（然后反向补充）

我写了以下内容：

fp = open(infile, 'r')
for line in fp:
   tokens = line.split()
   exonstarts = tokens[8][:-1].split(',')
   exonends = tokens[9][:-1].split(',')
   zipped = list(zip(exonstarts, exonends))
   chrom_len = len(chr_string)
   s = ''.join(bc[base.upper()] for base in chr_string[-starts-1:-ends-1] for starts, ends in zipped)+'\n'

然而，每次我这样做，我都会得到：

错误：未定义全局名称“starts”

---

如何修复此问题？

您正在定义EXONSTART，然后引用未定义的starts。

您正在定义EXONSTART，然后引用未定义的starts。

看起来您试图在生成器表达式中执行太多操作

用于s的两个

是错误的。你的意思是：

s = ''.join(bc[base.upper()] for starts,ends in zipped for base in chr_string[-starts-1:-ends-1])+'\n'

然后为

的第二个

定义了
开始
和
结束

鉴于您今天提出的问题，我建议您阅读，例如，这样您就可以自己解决这些问题。
看起来您试图在生成器表达式中做得太多了

用于

s的两个

是错误的。你的意思是：

s = ''.join(bc[base.upper()] for starts,ends in zipped for base in chr_string[-starts-1:-ends-1])+'\n'

然后为

的第二个

定义了
开始
和
结束

鉴于您今天提出的问题，我建议您阅读，例如，您可以自己解决这些问题。
尝试在上一学期前后添加括号：

s = ''.join(bc[base.upper()] for base in (chr_string[-starts-1:-ends-1]\
                                         ^
            for starts, ends in zipped)) +'\n'
                                      ^

在这里定义两个不同的生成器。这相当于：

strands = (chr_string[-starts-1:-ends-1] for starts, ends in zipped)
complementary_strands = (bc[base.upper()] for base in stage_1)
joined_exons = ''.join(stage_2) + '\n'

尝试在最后一个术语周围添加括号：

s = ''.join(bc[base.upper()] for base in (chr_string[-starts-1:-ends-1]\
                                         ^
            for starts, ends in zipped)) +'\n'
                                      ^

在这里定义两个不同的生成器。这相当于：

strands = (chr_string[-starts-1:-ends-1] for starts, ends in zipped)
complementary_strands = (bc[base.upper()] for base in stage_1)
joined_exons = ''.join(stage_2) + '\n'

我应该怎样定义开始呢？Exonstarts指的是一个列表…我希望每一对的第一个元素都是开始，这样[（1,2），（3,4），（5,6）]（这个列表就是我定义的“压缩”）开始是1，然后是3和5，而结束是pairI中的另一个数字，我认为使用这个代码时是“for start，ends in zipped’通过说每个括号内的两个元素是start，end…我要使用的字符串，对我来说是非常有用的，如果您继续在这里定义它，那么它将非常有用，而不是在fp中使用
行
可以将fp定义为多行字符串，并在fp.split（'\n'）中使用
行：
所以我们可以试着运行它。我应该如何定义开始？Exonstarts指的是一个列表……我希望每对的第一个元素都是开始的[（1,2），（3,4），（5,6）]（这个列表就是我定义的“压缩”）starts是1，然后是3和5，ends是pairI中的另一个数字，我认为使用“for start，ends in zipped”的代码可以做到这一点，因为每个括号内的两个元素都是start，结束…如果您继续并在此处定义它，我将要处理的字符串将非常有用，而不是在fp中使用
行
可以将fp定义为多行字符串，并在fp.split（“\n”）中使用
行：
所以我们可以试着运行它。Exonstarts指的是一个列表…我希望每对的第一个元素都是start，这样[（1,2），（3,4），（5,6）]start就是1，然后是3和5，而end就是pairit中定义的另一个数字，你可能做了和我一开始做的一样的事情，没有滚动查看那条长线的结尾…Exonstarts指的是一个列表…我希望每对的第一个元素都是start，这样[（1,2），（3,4），（5,6）]start将是1，然后是3和5，而end将是pairit中定义的另一个数字，你可能做了和我一开始做的一样的事情，没有滚动到那条长长的线的尽头……我也会尝试一下，看看我想出了什么办法，把它分成三个阶段肯定是正确的（+1），但是这些阶段应该有比_1，_2，_3更有意义的名称。好的，听起来不错。我的最后一个也需要分解，还是像现在这样好？如果strand='+'：s=''.join（[chr_string[starts:ends]表示开始，结束于zipped]），将其分解有助于提高可读性并帮助您找出代码的错误。如果需要，可以将其保留为一个表达式。它不会影响发电机的功能。这取决于你\打破界限是没有必要的或没有帮助的。我也会尝试一下，看看我想出了什么办法，把它分成三个阶段肯定是正确的（+1），但这些阶段应该有比_1，_2，_3更有意义的名称。好的，听起来不错。我的最后一个也需要分解，还是像现在这样好？如果strand='+'：s=''.join（[chr_string[starts:ends]表示开始，结束于zipped]），将其分解有助于提高可读性并帮助您找出代码的错误。如果需要，可以将其保留为一个表达式。它不会影响发电机的功能。这取决于你\断线是没有必要或没有帮助的。哈哈，谢谢，我会查出来的。所有这些对我来说都是新鲜事me@skyl例如我没有这样的暗示。这本书的推荐是为了有所帮助，很明显Patrick还没有读过一本关于Python的好书。@PatrickCampbell你已经知道如何用
int（start）
将字符串变成整数了，你是在对另一个答案的评论中自己做的@帕特里克·坎贝尔：请停止在随意回答的评论中提出新问题；这不是这个社区的工作方式。@PatrickCampbell你真的应该接受Johnsyweb的建议，在继续之前阅读python书籍或教程。这是非常困难的