Biopython.KDTree库中的“search”和所有其他方法将输出为“None”，尽管KDTree已成功创建

以下是我的代码片段，用于创建KDTree并搜索以给定中心为半径的点：

代码段：

threed_array = np.array(my_list, np.float_)
atom_kdtree.set_coords(threed_array)

try:

    print(atom_kdtree.built)
    print(atom_kdtree.search(threed_array[1], 100.00000000))

except Exception, err:
    print traceback.format_exc()
    print sys.exc_info()[0]

输出：

1
None

my_list是三维空间中点的坐标列表。三维数组是numpy nd数组

因此，KDTree.builded将输出作为“1”“搜索”给出“无”。我是否错过了构建KDTree的任何步骤？

问题是atom_KDTree.search不返回任何内容，它只执行搜索

你必须进行搜索，然后询问问题点。即

my_list = ([0, 0, 0], 
           [1, 1, 1], 
           [3, 3, 3]) 

threed_array = np.array(my_list, np.float_)
atom_kdtree = KDTree(3)
atom_kdtree.set_coords(threed_array)

# The search is done here. Every point within a radious < 2 from [0, 0, 0].
atom_kdtree.search(threed_array[0], 2.00000000)

# Here we print the points
print(atom_kdtree.get_indices())
print(atom_kdtree.get_radii())

也就是说：点0和1与点0、0、0的距离在radious<2范围内，与该点的距离为0和1.73205078。点3、3、3最远，因此未显示

[0 1]
[ 0.          1.73205078]