如何使用相同的R标记源转到HTML、Word、github标记和PDF

我正在尝试将相同的R标记源文档呈现为MS word、git hub标记、HTML和PDF。编译选项位于.Rmd文件的头中，输出的选择在命令行通过

render（）

函数确定。我希望本文件包括所有版本中的数字和方程式编号，并具有交叉参考

我的.Rmd文件中有一个等式：

(\#eq:eq)
A=\frac{\pi}{27d^2}

（让我们暂时忽略包装器。）

这从文本中交叉引用为

（例如等式\@ref（eq:eq））

main.rmd

中的我的标题如下所示：

output:
  bookdown::pdf_document2:
    latex_engine: pdflatex
    toc: true
    number_sections: true
    fig_caption: true
    keep_tex: true
    citation_package: natbib
  bookdown::html_document2:
    number_sections: true
    toc: true
    toc_float:
      collapsed: false
      smooth_scroll: false
  md_document:
    variant: gfm
    fig_caption: yes
    keep_md: yes
    number_sections: true
  bookdown::word_document2:
    number_sections: true
    reference_docx: defaulto

当我使用word进行渲染时

rmarkdown::render("main.rmd",
  output_format=c('word_document2'),
  run_pandoc = TRUE,
  clean=TRUE)

如果我使用

$

作为包装器，我会在Word文档中看到表达式标签。方程式编号已给出，但不是交叉参考。我必须使用

\begin{equation}\结束{equation}

以使其作为交叉引用

当我呈现到HTML时，任何一个包装器选项都会为我提供合理的输出

rmarkdown::render("main.rmd",
  output_format=c('bookdown::html_document2'),
  run_pandoc = TRUE,
  clean=TRUE)

当我渲染到标记时

rmarkdown::render("main.rmd",
    rmarkdown::md_document(variant = "gfm"),
    run_pandoc = TRUE,
    clean=TRUE,
    knit_root_dir= getwd())

当我使用´´´\开始{等式}时，我没有得到任何输出\结束{等式}。在那里我使用了

$$$$

获取任何输出，我在文本中看到

等式@ref（eq:eq）

，即交叉引用根本不呈现

PDF使用

rmarkdown::render("main.rmd",
  output_format=c('bookdown::pdf_document2'),
  run_pandoc = TRUE,
  knit_root_dir= getwd())

。。。在这两种情况下似乎都很有效

所以。。。问题：我无法使用相同的公式格式转到markdown、HTML和word from.Rmd。是否有一种解决方案可以在.Rm源代码中实现，或者在调用

render（）

时实现

MWE 可能会有帮助。我也发现了。不幸的是，在降价时似乎有东西坏了。

title: "MWE"
author: "Me, myself, and I"
date: '`r Sys.Date()`'
output:
  bookdown::pdf_document2:
    latex_engine: pdflatex
    toc: true
    number_sections: true
    fig_caption: true
    keep_tex: true
    citation_package: natbib
  bookdown::html_document2:
    number_sections: true
    toc: true
    toc_float:
      collapsed: false
      smooth_scroll: false
  md_document:
    variant: gfm
    fig_caption: yes
    keep_md: yes
    number_sections: true
  bookdown::word_document2:
    number_sections: true
    reference_docx: default
fontsize: 11pt
geometry: margin=1in
graphics: yes
bibliography: main.bib
linkcolor: blue
urlcolor: red
citecolor: cyan
link_citations: true

# Test{sec:test}

This should be a cross-reference to Equation \@ref(eq:eq).

$$
(\#eq:eq)
A=\frac{\pi}{27d^2}
$$