e在每次删除时都重新定义，如果OP定义了要删除的初始树的节点，那么您将删除错误的节点。@jeremycg我给了您+1，因为您听起来好像知道自己在说什么。：）谢谢，您的回答确实解决了OPs问题，但R处理树的方式意味着它不是正确的答案。您正在删除第一棵树中节点

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e在每次删除时都重新定义，如果OP定义了要删除的初始树的节点，那么您将删除错误的节点。@jeremycg我给了您+1，因为您听起来好像知道自己在说什么。：）谢谢，您的回答确实解决了OPs问题，但R处理树的方式意味着它不是正确的答案。您正在删除第一棵树中节点1的后代，第二棵树中节点2的后代等。因为节点在每次删除时都会重新定义，如果OP定义了要删除的初始树的节点，您将删除错误的内容。@jeremycg我给了您+1，因为您听起来好像知道自己在说什么。：）谢谢，您的回答确实解决了OPs问题，但R处理树的方式意味着它不是正确的答案。您正在删除第一棵树中节点1的后代，第二棵树中节点2的后代等。因为节点在每次删除时都会重新定义，如果OP定义了要删除的初始树的节点，您将删除错误的内容。@jeremycg我给了您+1，因为您听起来好像知道自己在说什么。：）谢谢，您的回答确实解决了OPs问题，但R处理树的方式意味着它不是正确的答案。您正在删除第一棵树中节点1的后代，第二棵树中节点2的后代等。因为节点在每次删除时都会重新定义，如果OP定义了要删除的初始树的节点，您将删除错误的内容。@jeremycg我给了您+1，因为您听起来好像知道自己在说什么。：）谢谢，您的回答确实解决了OPs问题，但R处理树的方式意味着它不是正确的答案。我只是在编辑了“我的问题”后阅读了此评论。你是绝对正确的；编辑树时，节点名称将更改；因此，应使用提示名称。我从未见过

矢量化功能。这肯定是一个省时的办法。干得好，伙计！我只是在编辑了我的问题后才读到这篇评论。你是绝对正确的；编辑树时，节点名称将更改；因此，应使用提示名称。我从未见过
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library(ape)
library(geiger)

clade.dropper <- function(phy, drop.tips) {
new.phy <- drop.tip(phy, tips(phy, drop.tips[1]))
new.phy <- drop.tip(new.phy, tips(new.phy, drop.tips[2]))
new.phy <- drop.tip(new.phy, tips(new.phy, drop.tips[3]))
new.phy <- drop.tip(new.phy, tips(new.phy, drop.tips[4]))
new.phy <- drop.tip(new.phy, tips(new.phy, drop.tips[5]))
new.phy
}

A <- c(1,2,3,4,5);
Reduce(function(current,operand) current+operand,rep(1,6),A);
## [1]  7  8  9 10 11

library(ape);
library(geiger);
sal <- get(data(caudata));
tax <- cbind(sal$tax[,c('subfamily','family','suborder')],order='Caudata');
tphy <- phylo.lookup(tax,ncores=2);
clade.num <- 1:5;
Reduce(function(phy,clade.num) drop.tip(phy,tips(phy,clade.num)),clade.num,tphy);
##
## Phylogenetic tree with 613 tips and 19 internal nodes.
##
## Tip labels:
##   Batrachoseps_attenuatus, Batrachoseps_diabolicus, Batrachoseps_gavilanensis, Batrachoseps_incognitus, Batrachoseps_luciae, Batrachoseps_major, ...
## Node labels:
##   Caudata, Salamandroidea, Plethodontidae, Bolitoglossinae, Plethodontinae, Spelerpinae, ...
##
## Unrooted; no branch lengths.

library(geiger)
library(ape)

geo <- get(data(geospiza))

vtips <- Vectorize(tips, "node") 

todrop <- c(18,20)
drop.tip(geo$phy, unlist(vtips(geo$phy, todrop)))

drop.tip(phy, unlist(vtips(phy, cladenum)))