Stringr环境;plot\u网络中的错误
我试图在R中使用Stringr环境;plot\u网络中的错误,r,R,我试图在R中使用stringdb,当我试图绘制网络时,出现以下错误: if(grepl(“文档已移动”,res)){:参数为 长度为零的 代码: (156项意见) if(grepl(“文档已移动”,res)){:参数为 长度为零的 您使用的是有几年历史的Bioconductor版本,并扩展了字符串包。 如果您更新到最新版本,它将正常工作。但是,更新后的软件包仅支持最新版本字符串(当前版本为11),因此基础网络可能会发生一些变化 更详细的原因是: 字符串的硬件基础结构最近经历了重大更改,这迫使服务
stringdb
,当我试图绘制网络时,出现以下错误:
if(grepl(“文档已移动”,res)){:参数为
长度为零的
代码:
(156项意见)
if(grepl(“文档已移动”,res)){:参数为
长度为零的
您使用的是有几年历史的Bioconductor版本,并扩展了字符串包。 如果您更新到最新版本,它将正常工作。但是,更新后的软件包仅支持最新版本字符串(当前版本为11),因此基础网络可能会发生一些变化 更详细的原因是: 字符串的硬件基础结构最近经历了重大更改,这迫使服务器设置不同。 现在所有的旧调用都被转发到一个不同的URL,但是cURL调用,它是如何实现的,没有遵循我们的重定向,这破坏了STRINGdb包的功能。 我们无法更新旧的bioconductor软件包,我们的服务器设置也无法真正更改 也就是说,对旧版本的修复相对简单。 在STRINGdb库中,有一个包含所有方法“rstring.r”的脚本 在这里,您可以找到“get_png”方法。在该方法中,替换此行:
urlStr = paste("http://string-db.org/version_", version, "/api/image/network", sep="" )
urlStr = paste("http://version", version, ".string-db.org/api/image/network", sep="" )
这一行:
urlStr = paste("http://string-db.org/version_", version, "/api/image/network", sep="" )
urlStr = paste("http://version", version, ".string-db.org/api/image/network", sep="" )
再次加载库,它会像以前一样创建PNG。我也遇到同样的问题。帮助!你说的“卷曲库不遵循我们的重定向”是什么意思?当正确使用时,curl当然可以遵循重定向。当然可以,但在默认设置下它不会,这是在原始代码中使用的。问题有点不同。不是吗?但是它是编写的,旧代码无法在存储库中修复。但这是一个很好的观点,我已经重新表述了原始答案,即它不是c的问题网址,但我们的电话。
urlStr = paste("http://version", version, ".string-db.org/api/image/network", sep="" )