如何在R中保存尾波对象

我不确定如何在R中保存coda（mcmc.list）对象。其他人也提出了类似的问题，但我发现给出的答案不是特别清楚。理想情况下，我希望将coda对象保存为R.data文件或文本文件（例如csv），这样我就可以重新导入它并分析JAGS链，而无需重新运行模型（在我的计算机上大约需要30分钟）。现在，我的尾波对象“coda.samples”如下所示：

str(coda.samples)
List of 3
 $ : mcmc [1:3334, 1:1094] 0.904 0.977 0.927 0.945 0.905 ...
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. ..$ : chr [1:3334] "2001" "2011" "2021" "2031" ...
  .. ..$ : chr [1:1094] "alpha[1,1]" "alpha[2,1]" "alpha[1,2]" "alpha[2,2]" ...
  ..- attr(*, "mcpar")= num [1:3] 2001 35331 10
 $ : mcmc [1:3334, 1:1094] 0.824 0.866 0.839 0.832 1.032 ...
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. ..$ : chr [1:3334] "2001" "2011" "2021" "2031" ...
  .. ..$ : chr [1:1094] "alpha[1,1]" "alpha[2,1]" "alpha[1,2]" "alpha[2,2]" ...
  ..- attr(*, "mcpar")= num [1:3] 2001 35331 10
 $ : mcmc [1:3334, 1:1094] 0.956 0.944 0.895 0.809 1.064 ...
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. ..$ : chr [1:3334] "2001" "2011" "2021" "2031" ...
  .. ..$ : chr [1:1094] "alpha[1,1]" "alpha[2,1]" "alpha[1,2]" "alpha[2,2]" ...
  ..- attr(*, "mcpar")= num [1:3] 2001 35331 10
 - attr(*, "class")= chr "mcmc.list"

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如您所见，这是一个由三个矩阵组成的列表，其中包含1094个参数的3334个估计值（即，长度为3334的三条链）。我想存储这个尾波对象，这样我就可以将它回调到R中，而不必每次都重新运行模型。我还想保留这样一个事实，即有三个唯一的链。

这是我从

MCMCglmm

保存链时使用的脚本。将

对象

替换为coda对象的名称（例如，在

MCMCGCLMM

中制作的模型名称），并将

文件路径

替换为合适的保存目标

save(OBJECT, file= "FILEPATH")
model = load("FILEPATH")

便利提示：我还使用

if

和

else

将我的模型包装在交换机中-这可以组合起来，形成一个有用的系统，运行并保存脚本，或者加载以前的运行（将

runmod

设置为

y

或

n

，然后选择

loaddate

以获取正确的文件。例如：

runmod = "y"
loaddate = "2017-01-12"

NITT = 130000
BURN =  30000
THIN =    100

# Model
if(runmod=="n"){
model4.1 = MCMCglmm(cbind(BWT_F, BWT_M, TAR_F, TAR_M) ~ trait-1,
        random = ~us(trait):animal + us(trait):BYEAR + us(trait):MOTHER,
        rcov = ~us(trait):units,
        family = rep("gaussian", times = 4),
        pedigree = Ped,
        data = Data,
        burnin = BURN,
        nitt = NITT,
        thin = THIN,
        prior = prior4.1)
        save(model4.1, file=paste0("FILEPATH......",NITT,"_",Sys.Date(),".rda"))
}else{                       
model41 = load(paste0("FILEPATH......",NITT,"_",loaddate,".rda"))
}

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查看

？save

或

？saveRDS

。任何R对象都可以使用

保存（例如，coda.samples，file='my.coda.samples.rda'）

。然后可以使用

加载（'my.coda.samples.rda'）

将其加载回R。你完全正确。我想得太多了。使用命令

保存（coda.samples，file=“coda.samples.RData”）

保存coda对象。然后使用

load（coda.samples.RData）

加载它，效果非常好。