R 使用新的距离函数创建相关矩阵

我正在尝试编写一个函数，它将使用一个奇特的距离估计（

dcorr

，布朗距离）创建一个相关矩阵。更一般地说，我想为一个通用的“相关”矩阵编写代码，您可以在其中插入任何距离估计器

我的数据的格式是，列是变量，行是观察值

我的基本代码有问题。我的算法如下：

• 使用apply获取变量
• 传递给将再次应用于整个矩阵的函数
• 此时，应该有两对变量
• 使用

  na.省略

  删除缺失的观察值（dcorr所需）
• 计算dcorr

我希望这会产生相关矩阵，但我在基本变量管理方面有很多问题。我很难将变量传递给apply函数。特别是，我想将一个数组传递给在第一个apply中拉入的列，并将其传递给第二个apply（应用于整个原始矩阵）

我的代码：

dcormatrix <- function(Matrix){
  dcorhelper <- function (Col1){
    as.matrix(apply(Matrix,2,function(Col2){
      B <- na.omit(cbind(Col1,Col2))
      dcor(B[,1],B[,2],index=1)
    },Col1=Col1))
  }
 apply(Matrix,2,dcorhelper(),Matrix=Matrix)
}

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dcormatrix您可能需要从
vegan
套餐中查看
designdist
。它允许定义备用距离/相异矩阵。请参阅。
为什么不直接使用
dist（）
来执行此操作？您可以尝试将
browser（）
插入函数中，然后查看发生了什么。这将使您对变量及其传递方式有一些了解。