PERMANOVA通过级别组合进行对比

我开始使用adonis函数创建PERMANOVA Controls by Level组合脚本，但似乎没有使用创建了adonis对象的Level组合矩阵，我的代码是：

包装 数据集 创建数据帧 级别组合 谁能帮帮我吗

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提前谢谢，

你能解释一下什么不适合你吗？你肯定可以得到更多的帮助，比如脚本不创建LSMatrixWiw，这个问题今天也被交叉提交到R-sig-eco邮件列表中：Richard Erickson请在这里或R-sig-eco邮件中发布你的答案，没问题！显然，

LSmatrix

不知道

adonis

对象。什么让你相信它会？你能解释一下什么对你不起作用吗？你肯定可以得到更多的帮助，比如脚本不创建LSMatrixWiw，这个问题今天也被交叉提交到R-sig-eco邮件列表中：Richard Erickson请在这里或R-sig-eco邮件中发布你的答案，没问题！显然，

LSmatrix

不知道

adonis

对象。你凭什么相信会这样？

require(vegan)
require(doBy)
require(wzRfun)
require(multcomp)

data(mite)
A = c(rep(c(0), 30), rep(c(1), 30))
B = rep(c(rep(c(0), 15), rep(c(1), 15)), 2) 

A <- as.factor(A)
B <- as.factor(B)
species <- mite[1:60,]

man.com<-adonis(species ~ A * B, method = "jaccard",permutations=999)
man.com

A_B<- interaction(A, B)
levels(A_B)
do.call(rbind, strsplit(levels(A_B), "\\."))


g0 <- adonis(species ~ A * B, method = "jaccard",permutations=999)
g1 <- adonis(species ~ A_B, method = "jaccard",permutations=999)

M <- LSmatrix(g0, effect=c("A","B"))

data.frame(g0=M%*%coef(g0), g1=coef(g1))

str(M)
grid <- attr(M, "grid")

B <- "b"
A <- "a"
spl <- interaction(grid[,2])
i <- 1:nrow(grid)
l <- split(i, f=spl)
contr <- lapply(l,
                function(row){
                    ## Contrast matrix parwise
                    a <- apc(M[row,], lev=levels(d[,2]))
                    rownames(a) <- paste(spl[row[1]],
                                         rownames(a), sep="/")
                    return(a)
                })
contr <- do.call(rbind, contr)
contr

summary(glht(g0, linfct=contr),
        test=adjusted(type="fdr"))