R 在对数刻度（带渐近线）上绘图，并在ggplot2中为零

我正在绘制具有渐近尾部的剂量-反应曲线。我真的希望在显示0的图中包括载体（对照）剂量

0通常计算为.000000000 1的剂量-这是这些图中的常见做法

我真的很喜欢下面这张图片的显示方式，这张图片是从一个关于如何使用程序GraphPad:PRISM绘图的pdf文件中拍摄的

旁注：我发现了如何使用基本图形来实现这一点，但没有使用ggplot2

针对matlab提出了一个类似但不同的SE问题：

我的R代码如下：

library(ggplot2)
library(scales)

ggplot(df, aes(x=dose,y=probability, group=model))+

  geom_ribbon(aes(ymin=Lower,ymax=Upper,x=dose,
                  fill=model, col=model,alpha=2))+

  #Axis log transformation:
  annotation_logticks(scaled = TRUE,sides="b") +
  scale_x_log10(breaks = 10^(-1:10),
                labels = trans_format("log10", math_format(10^.x)))+
  #Axes labels:
  labs(x="dosage (log scale)", y="response",size=1)

数据：

---

df像这样的东西怎么样：

df$dose[1] <- 0.000001

df$facet <- ifelse(df$dose == min(df$dose), 1, 2)
ggplot(df, aes(x=dose,y=probability, group=model))+
  geom_point(data = subset(df, facet == 1)) +
  geom_ribbon(aes(ymin=Lower,ymax=Upper,x=dose,
                  fill=model, col=model,alpha=2))+

  #Axis log transformation:
  annotation_logticks(scaled = TRUE,sides="b") +
  scale_x_log10(breaks = c(0.000001, 10^(0:10)), 
                labels = c(0, math_format()(0:10))) +
  #Axes labels:
  labs(x="dosage (log scale)", y="response",size=1) +
  facet_grid(~facet, scales = 'free', space = 'free') +
  theme(strip.background = element_blank(),
        strip.text = element_blank())

df$dose[1]您可以将plotrix用于断轴：

library(plotrix)
plot(df$dose, df$probability, log='x', xlim=c(0.1,1e4), xaxt='n', col=NA)
axis(1, at=10^(-1:4), labels=c(0, 10^(0:4)))
axis.break(breakpos = 0.4)
polygon(c(df$dose, rev(df$dose)), c(df$Lower, rev(df$Upper)), col = rgb(0.8,0.1,0.1,0.5))
points(0.1,0, pch=19, cex=0.5)


分解如下：

我们在plot命令中使用
xlim
以低于实际数据点一个数量级的方式启动轴
我们在axis命令中设置laels，将x轴上的最低点标记为零（即使它实际上在x=0.1）
然后在前两个标签之间插入axist断点
最后，我们在（0.1,0）处绘制一个点，该点将显示为（0,0），因为我们在此处插入了轴打断并将轴标记为零
从这个问题来看，它看起来像是轴。断裂是解决办法。我已经在使用中断来绘制（10^x）轮廓。我在玩下面的代码时取得了一些进展，但ggplot2似乎不想画0…因为我已经告诉它画10^X。也许最好不要用“0中断”进行绘图…但现在我只想知道如何做<代码>缩放x_log10（分界=c（1，10^（2:10）），标签=转换格式（“log10”，数学格式（10^.x））+
缩放x_log10（分界=10^（0:10），标签=c（0，数学格式（）（1:10））
？非常接近-缺少的只是对数10标度和0之间的某种差距，为了说这是一条渐近线（如第一张图所示），但这里是零剂量。就是这样！它看起来不像我想象的那么好，但知道怎么做仍然很好。在这种情况下，任何人都有类似的问题：我一直收到一个
错误…'“closure”不是可子集的
，因为我忘了在
df$facet@Arch中重命名一个变量，是的，这是调用数据
df
的缺点，它已经是一个函数，因此最好避免使用它，并使用类似
d
、
dat
或
d\u f
的东西，这可能会产生一个更有用的错误。我认为OP已经意识到了这个选项：“旁注：我已经找到了如何使用基本图形，而不是使用ggplot2来完成此操作”。@Axeman好的，不知怎么的，我在OP中漏掉了这条评论。不过，这里有一个答案告诉其他人如何在base中完成此操作并没有坏处。比OP的评论更有用，他们知道怎么做。是的，我同意，我很高兴你发布了它。我找不到使用r基图形的旧r脚本，但我相信在这些情况下我所做的只是添加术语
break=TRUE
。例如：
plot（mod_LL2.2，add=FALSE，break=TRUE，col=“rutch”）
。在某些情况下，iirc的这种方法是有效的。但无论如何，我一直在切换到ggplot2。我将在问题的底部添加一个编辑，注意你的r基图形解决方案。
library(plotrix)
plot(df$dose, df$probability, log='x', xlim=c(0.1,1e4), xaxt='n', col=NA)
axis(1, at=10^(-1:4), labels=c(0, 10^(0:4)))
axis.break(breakpos = 0.4)
polygon(c(df$dose, rev(df$dose)), c(df$Lower, rev(df$Upper)), col = rgb(0.8,0.1,0.1,0.5))
points(0.1,0, pch=19, cex=0.5)