R 如何使用光栅和提取查找每个多边形内的平均值，但不包括某些值

我有一个全球光栅文件，我想在其中计算每个国家的农药使用率。光栅文件包含值-2表示水，-1.5表示缺失值，-1表示禁止使用不感兴趣的农药，我需要排除这些值，并计算所有其他值的平均值

# My raster file is called rast and has these properties

> rast
class       : RasterLayer 
dimensions  : 1681, 4306, 7238386  (nrow, ncol, ncell)
resolution  : 0.08333333, 0.08333333  (x, y)
extent      : -178.9167, 179.9167, -56.0425, 84.04084  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
names       : APR_Corn_2.4.d_2015_L

因此，我的想法是简单地用NA替换光栅文件中<0的所有值，然后使用extract和mean将其与世界地图多边形相结合。代码如下：

# Load packages and polygon data
library(raster)
library(maptools)
data(wrld_simpl)

# Replace all the negative values with NA
rast.new = rast
rast.new[rast.new < 0] = NA

# Get the mean applcation rate (kg/ha) for each country
national_mean_apr_extr = raster::extract(rast.new, wrld_simpl, fun = mean, na.rm = TRUE)

所以我得到的很多值都是NaN，我不知道为什么

如果我不做用NA替换所有负数的步骤，这似乎是可行的，我没有得到任何NaN，但这些数字当然是不正确的：

# Get the mean applcation rate (kg/ha) for each country
national_mean_apr_extr = raster::extract(rast, wrld_simpl, fun = mean, na.rm = TRUE)
> national_mean_apr_extr
               [,1]
  [1,] -1.500000000
  [2,] -1.500888377
  [3,] -0.494337678
  [4,] -0.038511559
  [5,] -1.340424282
  [6,] -0.831025496
  [7,] -2.000000000
  [8,] -0.946029966
  [9,] -1.483374534
 [10,] -1.500000000
 [11,] -1.875000000
 [12,] -2.000000000
 [13,] -1.828125000
 [14,] -1.490271067
 [15,] -0.754035134

你知道为什么吗

编辑：我已添加到光栅文件的链接：

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显而易见的原因是这些国家的所有价值观都是NA。对于这些国家，你会得到

mean(NA, na.rm=TRUE)
#[1] NaN

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因此，一切似乎都在按预期进行

看起来数据中也有NaN。检查数据是否为数字，并将NaN替换为NA。NaN在Matlab中使用。但是如果我不过滤它，它就不应该工作，不是吗？我现在检查了一下，原始光栅文件中似乎没有任何NaN。我还添加了一个指向光栅文件的链接。你还有其他想法吗？@SimonWoodward-R还有NaN。请尝试0/0或Inf-Inf链接返回404。@Edward我添加了另一个带有filedropper的链接，所以它不应该出现。

mean(NA, na.rm=TRUE)
#[1] NaN