可再现性研究：使用GNU make调用statTransfer将sas7bdat数据文件转换为csv文件 问题:

我是GNU的新手。是否有更好的方法通过编程将统计数据集从sas7bdat转换为csv文件，并使用GNU Make使它们彼此保持同步，以促进可复制的研究？您是从编码的角度来处理这个问题，还是有更好的方法来促进可重复性研究？在使用静态模式规则时，是否可以添加额外的先决条件（即

statTransferOptions.txt

）

解决方案需要：

• 在所有子目录中查找所有sas7bdat文件
• 读取statTransfer选项
• 使用带选项的statTransfer命令行工具将sas7bdat文件转换为csv文件
• 鉴于目前statTransfer的局限性，我认为这将需要两个步骤：
  • 为每个SAS数据文件（.sas7bdat）生成statTransfer命令文件（.stcmd）
  • 通过使用stcmd文件中的选项执行statTransfer（st），为每个stcmd文件构建csv文件
  • 目标stcmd和csv文件应与必备的sas7bdat文件位于同一子目录中
  • 如果存在新的sas7bdat文件或基本选项文件发生更改，请查找过期的stcmd和csv文件并更新它们

背景： 我继承了一份每年出版的大型统计报告。在前几年，分析是在SAS中进行的。我们现在使用的是R。SAS Enterprise Guide生成的一些sas7bdat文件无法正确导入。StatTransfer是一款商用产品，它有一个命令行界面，可以正确地将sas7bdat文件转换为csv文件；但是，有一些选项可以改进转换（例如，写入日期格式）。sas7bdat文件位于与数据集类型和年份对应的多个子目录中

这一方法的进一步推动因素是：

克里斯托弗·甘德鲁（2013-06-21）。利用R和RStudio进行可复制研究（查普曼和霍尔/CRC R系列）（第104-105页）。查普曼和霍尔/儿童权利中心。Kindle版

故障排除：

• 这几乎就是我想要的：

建议的MAKEFILE？

RDIR:=。
######
#准备#
######
#使用bashshell创建源sas7bdat文件的列表
SASDATA=$（shell find$（RDIR）-type f-name'*.sas7bdat'）
#使用模式子字符串函数定义文件名的变量列表
#在配方中用作目标
STCMD_OUT=$（patsubst$（RDIR）/%.sas7bdat，$（RDIR）/%.STCMD，$（SASDATA））
CSV_OUT=$（patsubst$（RDIR）/%.sas7bdat，$（RDIR）/%.CSV，$（SASDATA））
#########
#目标#
#########
全部：$（STCMD\u OUT）$（CSV\u OUT）
#我认为“静态模式规则”这个名字有误导性
#但我发现这很有帮助：
# http://www.gnu.org/software/make/manual/make.html#Static-图案
#我可以在使用静态模式规则时添加statTransferOptions.txt作为先决条件吗？
$（STCMD_OUT）：$（RDIR）/$（@D）/%.STCMD:$（RDIR）/$（@D）/%.sas7bdat
cp$（RDIR）/statTransferOptions.txt$@
回显副本$（RDIR）/$$@
回声退出>>$@
$（CSV_OUT）：$（RDIR）/$（@D）/%.CSV:$（RDIR）/$（@D）/%.stcmd
新加坡元/$<
清洁：
rm$（标准货币单位）
rm$（CSV_OUT）

SO输入后修订的MAKEFILE：

RDIR:=。
######
#准备#
######
#创建源sas7bdat文件的列表
SASDATA:=$（shell find$（RDIR）-类型f-名称'*.sas7bdat'）
STCMD_OUT:=$（patsubst$（RDIR）/%.sas7bdat，$（RDIR）/%.STCMD，$（SASDATA））
CSV_OUT:=$（patsubst$（RDIR）/%.sas7bdat，$（RDIR）/%.CSV，$（SASDATA））
#########
#目标#
#########
全部：$（STCMD\u OUT）$（CSV\u OUT）
$（STCMD_OUT）：%.STCMD:%.sas7bdat statTransferOptions.txt
cp$（RDIR）/statTransferOptions.txt$@
回显副本$（RDIR）/$$@
回声退出>>$@
$（CSV_OUT）：%.CSV:%.stcmd
新加坡元/$<
清洁：
rm$（标准货币单位）
rm$（CSV_OUT）

---

然而，正确的选择可能是调试CRAN sas7bdat包，以便整个工具链可用，而不是调用专有的statTransfer。

因此，我们通常没有时间或精力（或者通常没有兴趣）阅读相关论文、选项、备选方案等。如果您简单明确地指定您遇到问题的代码（在本例中，提供的makefile非常好）、您遇到的确切问题，包括错误消息或不正确的输出（这在您的问题中并不明显），则效果最佳，你想发生的事情没有发生，因为这并不总是清楚的，也许还有你尝试过但没有成功的其他想法或方向

我不确定您到底遇到了什么问题，但我发现您的makefile存在许多问题。首先，这会起作用，但效率很低：

SASDATA = $(shell find $(RDIR) -type f -name '*.sas7bdat')

您应该在此处使用

：=

赋值形式。在设置

STCMD\u OUT

和

CSV\u OUT

时可能也应该使用它，尽管这不太重要

但最重要的是，这些规则并不正确：

$(STCMD_OUT): $(RDIR)/$(@D)/%.stcmd: $(RDIR)/$(@D)/%.sas7bdat

您不能在目标或先决条件列表中使用自动变量，如

$@

（或其任何替代形式）。自动变量仅在规则配方中定义。您可以对此使用二次扩展，但我不确定您为什么要尝试这样做。为什么不使用：

$(STCMD_OUT): %.stcmd: %.sas7bdat

？其他静态模式规则同上

---

至于您的问题，是的，可以在静态模式规则中添加额外的先决条件，例如

statTransferOptions.txt

。

您是否使用示例sas文件向sas7bdat的维护人员报告了导入失败？不幸的是，否。该包与其他sas7bdat文件一起工作，失败的文件很大（>100 MB）并且拥有无法共享的专有信息。如果这取决于数据的结构（而不是纯粹的大小），那么可能很容易创建一个以同样方式失败的小文件。但没关系。我不认为将StatTransfer合并到复制所需的工作流程中

$(STCMD_OUT): $(RDIR)/$(@D)/%.stcmd: $(RDIR)/$(@D)/%.sas7bdat

$(STCMD_OUT): %.stcmd: %.sas7bdat