R 数据子集内的方差分析

我的数据集由3个时间点上记录的基因表达值组成 我正在尝试应用一个带有tukey校正的方差分析测试来寻找一个基因在不同时间点上的差异表达。因此，对于每个基因，我希望进行如下比较： 基因a时间点1对2 基因a时间点2对3 基因a时间点3对1

我的数据格式如下：

    > head(rf)
                gene      expn timepoint rep
2  EG620009  // EG620009  8.428851      x0hr   0
3                 LYPLA1 10.386500      x0hr   0
21 EG620009  // EG620009  8.582346      x0hr   1
31                LYPLA1 10.379710      x0hr   1
22 EG620009  // EG620009  8.566248      x0hr   2
32                LYPLA1 10.399080      x0hr   2
    > tail(rf)
                gene      expn timepoint rep
23 EG620009  // EG620009  8.561409     x24hr   0
33                LYPLA1 10.233400     x24hr   0
24 EG620009  // EG620009  8.750639     x24hr   1
34                LYPLA1 10.023780     x24hr   1
25 EG620009  // EG620009  8.560267     x24hr   2
35                LYPLA1 10.025980     x24hr   2

如果我要做：

TukeyHSD(aov(rf$expn ~ rf$timepoint * rf$gene))

这会让我比较所有基因的每个时间点 包括比较，例如 基因a时间点1与基因b时间点2

我一直在努力研究如何将aov函数应用于按基因划分的数据子集。我定义了一个函数，该函数将p值作为输出，并尝试使用下面的by函数将其分别应用于每个基因

> gene.aov = function(x) {TukeyHSD(aov(expn ~ timepoint, data = x))}
> aov.pval = function(y) {y$timepoint[,4]}
> gene.pval = function(z) {aov.pval(gene.aov(z))}
> pvals = by(rf$expn,list(rf$gene),gene.pval)
> Error in eval(predvars, data, env) : 
   numeric 'envir' arg not of length one 

有没有任何提示说明为什么这不起作用？或者我应该以完全不同的方式来处理这个问题？

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谢谢

它不起作用，因为

by

希望它的第一个参数是data.frame或matrix，您要传递的是

rf$exp

，它是一个

数值

向量。您可以这样做，它会很好地工作（为了可读性，我放弃了多个函数）

by(rf, rf$gene, function(x) {TukeyHSD(aov(expn ~ timepoint, data = x))}, simplify = F)

rf$gene: EG620009
  Tukey multiple comparisons of means
    95% family-wise confidence level

Fit: aov(formula = expn ~ timepoint, data = x)

$timepoint
              diff       lwr      upr     p adj
x24hr-x0hr 0.09829 -0.123391 0.319971 0.2857424

--------------------------------------------------------------------------- 
rf$gene: LYPLA1
  Tukey multiple comparisons of means
    95% family-wise confidence level

Fit: aov(formula = expn ~ timepoint, data = x)

$timepoint
                 diff        lwr       upr     p adj
x24hr-x0hr -0.2940433 -0.4876756 -0.100411 0.0135193