基因型数据-如何使用R导入

我是stackoverflow的新成员，我开始在R工作，所以我需要一些帮助

我有一个包含740行和500000列的文件，由tab和format.txt分隔。文件大小约为1.2GB。该文件包含有关牛的基因型的信息。我需要将这个文件读入一个R程序中，以对表型数据进行关联研究分析。我不能在R中导入这个大文件。有人知道这样做的命令吗？只是一个导入文件并在R中读取的命令

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我的系统：i5和6Gb的RAM内存。

在R中，您可以键入

？read.csv

和

？read.table

，这将为您提供这些功能的帮助文件

然后，您可以将此函数的输出分配给变量，该变量将是您的数据帧

例如：

  myDataFrame <- read.csv("path/to/file.txt", sep="\t")

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myDataFrame在R中，您可以键入
？read.csv
和
？read.table
，这将为您提供这些函数的帮助文件

然后，您可以将此函数的输出分配给变量，该变量将是您的数据帧

例如：

  myDataFrame <- read.csv("path/to/file.txt", sep="\t")

myDataFrameread.table（）是您所需要的。你的文件有头吗

在Linux上（文件中没有标题）：
mydata=read.table（“/home/username/genetic.txt”，header=FALSE）

在Linux上（文件中包含标题）：
mydata=read.table（“/home/username/genetic.txt”，header=TRUE）

在Windows上（文件中没有标题）：
mydata=read.table（“c:\\mydata\\genetic.txt”，header=FALSE）

在Windows上（文件中包含标题）：
mydata=read.table（“c:\\mydata\\genetic.txt”，header=TRUE）

read.table（）
默认情况下使用tab作为分隔符，但您可以指定参数sep=“，”（或sep=“|”等）以指定不同的分隔符
 read.table（）是您所需要的。你的文件有头吗

在Linux上（文件中没有标题）：
mydata=read.table（“/home/username/genetic.txt”，header=FALSE）

在Linux上（文件中包含标题）：
mydata=read.table（“/home/username/genetic.txt”，header=TRUE）

在Windows上（文件中没有标题）：
mydata=read.table（“c:\\mydata\\genetic.txt”，header=FALSE）

在Windows上（文件中包含标题）：
mydata=read.table（“c:\\mydata\\genetic.txt”，header=TRUE）

read.table（）
默认情况下使用tab作为分隔符，但您可以指定参数sep=“，”（或sep=“|”等）以指定不同的分隔符
 其他答案解决了在R中读取数据的一般问题，但您的数据属于特定类型；和上提供了一些优秀的“特定领域”软件包。这些软件包将有自己的方式输入这些数据，可能是从您当前的表示转换而来的，但可能会在有效处理和执行常见操作方面带来显著的好处。在学习如何使用R的一般功能的同时，最好继续学习这些功能。
其他答案解决了在R中读取数据的一般问题，但您的数据属于特定类型；和上提供了一些优秀的“特定领域”软件包。这些软件包将有自己的方式输入这些数据，可能是从您当前的表示转换而来的，但可能会在有效处理和执行常见操作方面带来显著的好处。在学习如何使用R的一般功能的同时，最好继续学习这些功能。
这是R的一个非常基本的功能。如果你的问题是你认为别人以前遇到过的问题，你应该先查看R手册/文档和基本的谷歌搜索。阅读基本R手册的第七章，了解有关导入数据的信息。如果你在一个小时左右的工作后仍然有问题，那么让我们知道问题所在。这是R中的一个非常基本的功能。如果你的问题是你认为其他人以前有过的问题，你应该先检查R手册/文档和基本的谷歌搜索。阅读基本R手册的第七章，了解有关导入数据的信息。如果您在工作一小时左右后仍有问题，请告诉我们问题所在。感谢您的回复，但是read.table命令可以导入大文件？？取决于您所说的“大”的含义。我用它读取了500000-800000行和100多列的文件，混合了数字和文本数据。也取决于您的硬件和操作系统。感谢您的回复，但是read.table命令可以导入大文件？？取决于您所说的“大”的含义。我用它读取了500000-800000行和100多列的文件，混合了数字和文本数据。这也取决于你的硬件和操作系统。