R 基于相同的数据帧添加第二个y轴

我正在尝试使用

ggplot2

创建一个箱线图，并且需要从同一数据帧获得两个轴，表示两个不同的比例。基本上，我正在绘制三个附属物的每两种不同物种的表面积与体积比，其中一个附属物与其他两个附属物相比具有非常高的SA:V比，这使得很难将它们全部放在同一张图上

我已经为箱线图重新创建了数据和代码，以演示我所说的内容。如果可能的话，我想把背鳍显示在同一个图表上，但是在不同的y轴比例上（也会显示在图表上），这样箱线图的方框都是可见的

SAV <- c(seq(.35, .7, .01), seq(.09, .125, .001), seq(.09, .125, .001))
Type <- c(rep("Pectoral Fin", 36), rep("Dorsal fin", 36), rep("Fluke", 36))
Species <- c(rep(c(rep("Sp1", 18), rep("Sp2", 18)), 3))
appendage <- data.frame(SAV, Type, Species)

ggplot(aes(y = appendage$SAV, 
           x = factor(appendage$Type, levels = c("Dorsal fin", "Fluke")),
           fill = appendage$Species), 
       data = appendage) + 
 geom_boxplot(outlier.shape = NA) + 
 labs(y = expression("SA:V("*cm^-1*")"), x="") + 
 scale_x_discrete(labels = c("PF", "DF", "F")) + 
 scale_fill_manual(values = c("black", "gray"))

---

SAV一种可能性是使用
facet\u wrap

appendage %>% 
  mutate(
    Type = factor(Type, 
                  levels = c("Dorsal fin", "Fluke", "Pectoral Fin"), 
                  labels = c("DF", "PF", "F"))) %>% 
  ggplot(aes(Type, SAV, fill = Species)) + 
  geom_boxplot(outlier.shape=NA) + 
  labs(y=expression("SA:V("*cm^-1*")"),x="") + 
  scale_fill_manual(values=c("black","gray")) + 
  facet_wrap(~Type, scales="free") + 
  theme(axis.ticks.x = element_blank(), 
        strip.background = element_blank(),
        strip.text.x = element_blank())

首先，像其他人评论的那样，我不推荐这种类型的绘图。双轴倾向于使比较更加困难&即使观众意识到这一点，也会在视觉上混淆他们

也就是说，使用
ggplot2
可以实现这一点&一旦我们在原始代码中解决了其他几个问题，我将在下面展示一种方法：

问题1：您正在将数据帧传递给
ggplot（）
。在这种情况下，美元符号
$
在
aes（）
中没有位置

而不是：

ggplot(aes(y = appendage$SAV, 
           x = factor(appendage$Type), # ignore the levels for now; see next issue
           fill = appendage$Species), 
       data = appendage) + 
...

ggplot(aes(y = SAV, 
           x = factor(Type, levels = c("Dorsal fin", "Fluke")),
           fill = Species), 
       data = appendage) + 
...

使用：

第二期：哪一个附属物的SA:V异常高

根据用于生成示例数据集的代码，它应该是“胸鳍”，但最终结果显示为“DF”。我假设完整术语和轴标签之间的映射为：


“胸鳍”->“胸鳍”
“背鳍”->“DF”
“Fin”->“F”

。。。因此，这看起来像是在
aes（）
中将Type作为x参数的一个因子传递给x参数，以及在
scale\u x\u discrete（）
中设置轴标签之间的失误

因为您使用的是
factor（）
，所以在那里设置标签也会更整洁。把它放在同一个地方会使这些东西更容易被发现

而不是：

ggplot(aes(y = appendage$SAV, 
           x = factor(appendage$Type), # ignore the levels for now; see next issue
           fill = appendage$Species), 
       data = appendage) + 
...

ggplot(aes(y = SAV, 
           x = factor(Type, levels = c("Dorsal fin", "Fluke")),
           fill = Species), 
       data = appendage) + 
...

使用：

我改变了因子的顺序，因为我觉得与次要y轴（通常在右侧）相对应的x轴类别在视觉上更合理，它位于其他x轴类别的右侧。如果这不是理想的情况，您可以更改它。只需确保同时更改
级别=…
和
标签=…

次级y轴的解决方案

手动重新缩放有问题的附件（无论是哪个鳍）的值，直到其范围与其他附件的范围相似。（在下面的示例中，我使用了
y/5
的简单除法，但也可以使用更复杂的函数。）

为y轴指定
sec.axis（）
选项，使用重缩放函数的倒数作为变换。（在这种情况下，
y*5
）

相应地标记原始y轴（左）和次y轴（右），以明确每个轴的比例适用于哪些附件

最终代码+结果：

k = 5 #rescale factor

ggplot(aes(y = ifelse(Type == "Pectoral Fin", 
                      SAV / k, SAV),
           x = factor(Type, 
                      levels = c("Dorsal fin", "Fluke", "Pectoral Fin"),
                      labels = c("DF", "F", "PF")),
           fill = Species),
       data = appendage) +
  geom_boxplot(outlier.shape = NA) + 
  scale_y_continuous(sec.axis = sec_axis(trans = ~. * k,
                                         name = expression("SA:V ("*cm^-1*") PF"))) +
  labs(y = expression("SA:V ("*cm^-1*") DF / F"), x = "") + 
  scale_fill_manual(values = c("black", "gray"))

虽然@hpesoj626的答案可能就是您想要的答案，但您确实需要告诉您的听众不同的等级-这样他们就不会误解数据（人们可能会浏览等级）。我甚至可能建议做单独的图表。我同意这可能会让人困惑。我唯一不安的是，在我的分析中，我有类似的格式图，我希望它们是一致的。但我要看看最终的结果是什么样子，然后从那里开始！谢谢你的意见：）非常感谢！有没有办法把这三张图合并成左边0.09-0.12的比例和0.4-0.7的比例？我想我不明白你说的@user33993是什么意思。但是，正如您在OP中所评论的，单独的箱线图可能更适合您的情况。