Affymetrix自定义CDF分段错误

我正在使用以下CDF文件来制作腕足畸形的Affymetrix芯片。显然，它遵循了所有的规则

然而，当我试图用它创建自定义CDF环境时，使用R和Bioconductor包makecdfenv

图书馆（makecdfenv） make.cdf.package（“bradigiorgimutwill001_txt.cdf”，species=“Brachypodium_dystachion”）

我得到以下错误：

读取CDF文件

*捕获的segfault*地址0x1，导致“内存未映射”

回溯：1:.调用（“readCDFfile”、as.character（文件）、as.integer（3）， as.integer（compress），PACKAGE=“makecdfenv”）2： read.cdffile（file.path（path.expand（cdf.path）），filename，compress= 压缩）3:make.cdf.env（文件名，cdf.path=cdf.path，压缩= 压缩，return.env.only=FALSE）4： make.cdf.package（“bradigiorgimutwill001_txt.cdf”），物种= “短足畸形”）

输入的CDF文件中是否有任何错误？我完全感到困惑，因为我不知道如何解释这个分段错误，也不知道如何将其追溯到一个特定的问题。使用affxparser Bioconductor包时也会发生类似的情况，因此CDF字段（而不是包）一定有问题

非常感谢！：-）

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Federico

函数

make.cdf.package（）

仅在二进制cdf上工作。您需要使用

affxparser:：convertCdf（）

转换cdf，然后才能创建包。

函数make.cdf.package（）不需要二进制cdf，因此没有理由进行测试

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我昨天看了一下这个，这个cdf没有明显的问题，所以简单地转换成二进制文件就可以解决问题。

有趣的是，这会导致segfault。即使这是“操作员错误”，也值得联系软件包维护人员，让他们添加一个测试，以检查这一点，并更优雅地停止/发出一条有意义的错误消息…它像一个符咒一样工作！然而，正如James所说，make.cdf.package（）不需要二进制cdf，所以这个bug的本质仍然让我困惑。我刚刚通知了customcdf邮件列表上的作者。现在，非常感谢！